(события, открытия, публикации, интересные факты)
Сообщений: 782 Страница 39 из 40
NATURE.COM: Устаревшие докинзовские доказательства эволюции
Для общего понимания филогеномики аргумент, используемый Ричардом Докинзом, должен быть удален
Ричард Баггс, профессор Лондонского университета королевы Марии, 23 марта 2021 года

https://natureecoevocommunity.nature.co ... -evolution
Я с некоторым колебанием пишу текст, который может быть истолкован как критический по отношению к члену Королевского общества Ричарду Докинзу. Многие члены этого сообщества по экологии и эволюции природы, возможно, впервые пришли к пониманию Дарвиновского механизма через его ясную прозу. Его книги, разошедшиеся миллионными тиражами, фигурируют во многих списках чтения для студентов. Школьные учителя естествознания по всему миру учат тому, чему они научились у него. В общественном воображении он — величайший из ныне живущих эволюционных биологов.

По этим причинам важно указать, где он допустил ошибку. По крайней мере, надо указать там, где научный прогресс дискредитировал его заявления. Из-за его широкого влияния в интересах общественного понимания науки любые допущенные им ошибки должны быть явно исправлены.

Стремясь сделать это, я вдохновляюсь неоднократными заявлениями самого Докинза о готовности ученых опровергнуть свои идеи. Имея это в виду, я не сомневаюсь, что он сам будет приветствовать и серьезно рассматривать этот пост, если с ним столкнется.
Меня беспокоит то, что Ричард Докинз делает такие сильные публичные заявления, что, если их принимать сегодня за правду, они в эпоху секвенирования всего генома могут серьезно исказить область филогенетики.

Взгляните на этот ролик, размещенный на YouTube-канале Richard Dawkins Foundation for Reason & Science. В видео (таймкод 8:40) Докинза просят назвать единственное лучшее доказательство эволюции. Его ответ заключается в утверждении, что филогенетический анализ различных генов и псевдогенов независимо друг от друга дает нам «одно и то же генеалогическое древо». Эта конгруэнтность между генными деревьями является «чрезвычайно сильным доказательством» эволюции, а единственная альтернатива этому — обманчивая идея создателя.

То же самое утверждение Докинз делает в своей книге «Самое грандиозное шоу на Земле»:
Доводы сравнительного анализа ДНК или белков позволяют сделать вывод о том, какие пары видов являются близкородственными. Однако сила этого метода как доказательства эволюционной теории заключается в возможности построить дерево генетического родства по каждому гену. Важнейший результат заключается в том, что все такие деревья во многом одинаковы. Именно такой результат и должен был получиться, если перед нами генеалогическое древо. И совсем не то, что мы ожидали, если бы Творец выбирал подходящие белки то там, то здесь, вне зависимости от первоначального носителя белка.

...

У непрофессионала, читающего это или просматривающего видео выше, создается ясное впечатление, что каждый ген или псевдоген в каждом живом организме дает по существу одно и то же филогенетическое дерево, если проанализировать его гомологи из других видов. Это просто неправда.

Если бы это было правдой, то построение филогении в геномную эпоху было бы прогулкой в парке. Но, как многие из моих читателей знают из личного опыта, это не так.

Если бы это было правдой, такие термины, как горизонтальный перенос генов, неполнота летописи происхождения, интрогрессия и молекулярная конвергенция, были бы редкими курьезами в литературе, посвященной геному. Но эти случаи широко распространены (нажмите на ссылки в предыдущем предложении, чтобы увидеть поисковую выдачу этих терминов в Google Scholar).

Если бы это было правдой, редко использовались бы филогенетические программы, такие как ASTRAL, ASTRID и BUCKy, предназначенные для упорядочивания генетического древа. Но они используются часто.

Вряд ли мне нужно объяснять свою точку зрения присутствующей аудитории. Утверждения Докинза просто неверны. Великолепны и совершенно неверны. Пропагандировать это учение — значит оказывать медвежью услугу тысячам ученых, работающих в области филогеномики, которые ежедневно пытаются разобраться в несочетаемых генных деревьях.

Настало время для того, чтобы этот аргумент был удален или, что еще лучше для общественного понимания науки, отозван.

А не пришла ли пора официально попросить этого самопровозглашенного «всадника атеизма» перестать мучить «лошадку» биологии?
30 марта 2021 года. ВЕСТИ FM. ПОЛНЫЙ КОНТАКТ.
Политолог и американист Дмитрий Дробницкий в передаче на тему «Климатическая повестка – инструмент управления», озвучил два интересных тезиса.
Ты просто не можешь публиковать научные статьи в серьезном журнале по вопросам климата, если ты не веришь в антропогенное (то есть вызванное человеком) глобальное потепление.

Это про объективность научного сообщества?
—————
Кстати, в Соединенных Штатах стало модно говорить, что отрицателей глобального антропогенного изменения климата надо приравнять к отрицателям Холокоста.

Это про то, что наука вне политики?
Ни разу так не было, и вот опять...

Как показывает исследование, генетика цвета глаз не так проста
Королевский колледж Лондона, 11 марта 2021 года

https://www.sciencedaily.com/releases/2 ... 123443.htm
Согласно новому исследованию, генетика цвета глаз человека гораздо сложнее, чем считалось ранее.
Международная группа исследователей во главе с Лондонским Королевским колледжем и Роттердамским медицинским центром Университета Эразма идентифицировала 50 новых генов, определяющих цвет глаз, в ходе крупнейшего на сегодняшний день генетического исследования такого рода. Исследование, опубликованное в журнале Science Advances, включало генетический анализ почти 195 000 человек по всей Европе и Азии.

И где же хваленая предсказательная сила единственно верного эволюционного учения?
НЕПРИЯТНОСТИ С КОСТЯМИ ДИНОЗАВРОВ
JACINTA BOWLER, 27 марта 2021 года

https://www.sciencealert.com/how-much-g ... ient-bones
За последние несколько десятилетий многочисленные открытия отодвинули дату появления древнейшего считываемого генетического материала.
В 2013 году из окаменелости лошади возрастом 700 000 лет, замороженной в вечной мерзлоте, получена самая древняя когда-либо секвенированная ДНК. До этого самый древний секвенированный геном был получен из останков 80 000-летнего денисовца.
Затем в начале этого года ученые объявили, что они секвенировали ДНК из 1,2-миллионнолетнего зуба мамонта, который в настоящее время является рекордсменом по самой старой восстановленной и секвенированной ДНК.
Из-за недолговечности ДНК некоторые ученые полагают, что это может быть самая древняя из тех, что мы можем получить, по крайней мере, с точки зрения осуществимости дешифровки генетического материала, который не настолько деградировал, чтобы стать бесполезным.
Период полураспада ДНК составляет 521 год, а это означает, что через 521 год половина связей в ее молекулярном остове разрывается. Через 1042 года половина этого остатка тоже исчезнет.
В абсолютно стабильных условиях последняя связь разорвется через 6,8 миллиона лет, но примерно через миллион лет у вас, скорее всего, уже возникнут большие проблемы с чтением чего-либо вообще, говорят ученые.
...
Тем не менее, недавно обнаружено нечто, вызвавшее в сообществе исследователей древней ДНК одновременно и волнение, и скептицизм – признаки ДНК внутри окаменелости динозавра, возрастом миллионы лет.
Анализируя детеныша гипакрозавра из позднемелового периода, они обнаружили невероятно хорошо сохранившийся хрящ. Внутри хряща они обнаружили клеточные структуры, которые включали в себя материал, напоминающий ДНК.
Есть только одна проблема: динозавру, о котором идет речь, от 74 до 80 миллионов лет – слишком много, чтобы все еще иметь неповрежденную ДНК.
Снеговой Павел писал(а) 01 апр 2021, 13:57:НЕПРИЯТНОСТИ С КОСТЯМИ ДИНОЗАВРОВ
JACINTA BOWLER, 27 марта 2021 года

https://www.sciencealert.com/how-much-g ... ient-bones
За последние несколько десятилетий многочисленные

Спасибо, хорошая новость. Поставил на завтра.

Павел, я могу Вас указывать как автора новости. У нас так принято


Снеговой Павел писал(а) 30 мар 2021, 23:01:Ни разу так не было, и вот опять...

Как показывает исследование, генетика цвета глаз не так проста
Королевский колледж Лондона, 11 марта 2021 года

https://www.sciencedaily.com/releases/2 ... 123443.htm
Согласно новому исследованию, генетика цвета глаз человека гораздо сложнее, чем считалось ранее.
Международная группа исследователей во главе с Лондонским Королевским колледжем и Роттердамским медицинским центром Университета Эразма идентифицировала 50 новых генов, определяющих цвет глаз, в ходе крупнейшего на сегодняшний день генетического исследования такого рода. Исследование, опубликованное в журнале Science Advances, включало генетический анализ почти 195 000 человек по всей Европе и Азии.

И где же хваленая предсказательная сила единственно верного эволюционного учения?


Это Вы, по всей видимости, на кошмар Дженкина намекаете? Вспомнить бы, кто и где эту тему поднимал. Нужна ссылка. Иначе люди не поймут, в чем тут суть, если это новостью пускать.

По-моему, это где-то у Ильи Рухленко было, где он про Маркова или Еськова высказывался, про их неумелую критику кошмара Дженкина.

Снеговой Павел писал(а) 28 мар 2021, 23:16:NATURE.COM: Устаревшие докинзовские доказательства эволюции
Для общего понимания филогеномики аргумент, используемый Ричардом Докинзом, должен быть удален
Ричард Баггс, профессор Лондонского университета королевы Марии, 23 марта 2021 года

https://natureecoevocommunity.nature.co ... -evolution
Я с некоторым колебанием пишу текст, который может быть истолкован как критический по отношению к члену Королевского общества Ричарду Докинзу. Многие члены этого сообщества по экологии и эволюции природы, возможно, впервые пришли к пониманию Дарвиновского механизма через его ясную прозу. Его книги, разошедшиеся миллионными тиражами, .

А не пришла ли пора официально попросить этого самопровозглашенного «всадника атеизма» перестать мучить «лошадку» биологии?


Это очень сильно! :good: :Bravo: :x

Надо подумать, как эту новость подать как можно более смачно. Предлагаю название:

Журнал NATURE: Устаревшие докинзовские доказательства эволюции - коллеги эволюционисты отправляют «всадника атеизма» на покой

А этот сайт действительно журнала Nature? Или просто слово одинаковое в названии?


Там еще в комментариях хорошая ссылка есть, на другую статью --> https://around.uoregon.edu/content/rese ... trees-life

University of Oregon (2020)
"In a new paper placed online April 15 ahead of print in the April 23 issue of the journal Nature, they argue that long-used approaches for reconstructing evolutionary paths are deeply flawed."

“Our finding casts serious doubts over literally thousands of studies that use phylogenetic trees of extant data to reconstruct the diversification history of taxa, especially for those taxa where fossils are rare, or that found correlations between environmental factors such as changing global temperatures and species extinction rates,” Louca said, using a term for populations of one or more organisms that form a single unit."

"I have been working with these traditional types of models for a decade now,” Pennell said. “I am one of the lead developers of a popular software package for estimating diversification rates from phylogenetic trees. And, as such, I thought I had a really good sense of how these models worked. I was wrong."


Павел, не могли из этого тоже новость сделать? Перевести и выкинуть всю ерунду, оставить только нужное.
Изображение
Пафнутий писал(а) 01 апр 2021, 23:11:А этот сайт действительно журнала Nature?

Думаю, Вы это и без меня знаете, но далее просто инфа, для тех кто не в теме и кто очень часто попадается в ловушки на фейковых сайтах. Смотрим на адрес и разбираем его на домены. Нас интересует только то, что находится между https:// и первым следующим слэшем /.
https://natureecoevocommunity.nature.com/... ⇒ natureecoevocommunity.nature.com
Видим три слова, разделенных точками. Это домены, которые принято считать справа налево. Первый считается верхним. Там обычно написано что-то вроде COM, ORG, RU, UA, CN... Первый и второй домены позволяют вычислить «официальность сайта». В нашем случае имеем NATURE.COM. Было бы между слэшами что-то вроде natureecoevocommunity.nature.com.bla-bla-bla.cn — Тогда надо было бы сомневаться, а так — все официально.
Домен третьего уровня называется natureecoevocommunity. Понятное дело, что это не журнал с рецензируемыми статьями, а площадка конкретного комьюнити. В любом случае, абы кто там не пишет.
Снеговой Павел писал(а) 02 апр 2021, 13:28:
Пафнутий писал(а) 01 апр 2021, 23:11:А этот сайт действительно журнала Nature?

Думаю, Вы это и без меня знаете, но далее просто инфа, для тех кто не в теме и кто очень часто попадается в ловушки на фейковых сайтах. Смотрим на адрес и разбираем его на домены. Нас интересует только то, что находится между

Ага, спасибо, я уже и сам разобрался. Просто там нет кнопки перехода на основной сайт, поэтому я не сразу понял, что к чему.

Надо эту статью на нашем сайте выложить
Изображение
Пафнутий писал(а) 02 апр 2021, 16:33:Просто там нет кнопки перехода на основной сайт

Вообще-то «кнопка» есть. В самой верхней позиции в левом углу. Там строка A community from nature portfolio.
Слово nature кликабельно и ссылка ведет на рецензируемый онлайн-журнал Nature Ecology & Evolution (https://www.nature.com/natecolevol/), являющийся частью франшизы NATURE.

Да и на странице «про Докинза» самая нижняя строчка Copyright © 2021 Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature All rights reserved как бы намекает.
Наткнулся на статью в PLOS One, решил написать заметку:

КОСИНОЖКИ НЕ ЖЕЛАЮТ УКЛАДЫВАТЬСЯ В ЭВОЛЮЦИОННЫЕ СХЕМЫ

Как справедливо отмечает биолог Илья Рухленко: "Чем больше массивы генетических данных подвергаются анализу, тем чаще обнаруживаются факты «филогенетических конфликтов». Таких фактов установлено уже так много, что о них начинают говорить уже «скорее как о норме, чем об исключении». Каждый такой факт свидетельствует против теории естественной эволюции".

За примерами далеко ходить не надо. Авторитетный журнал PLOS One расписывается в том, что не может классифицировать одну из самых многочисленных и широко распространенных групп паукообразных - сенокосцев:

«Есть несколько глубоких филогенетических проблем у отряда Сенокосцев (Opiliones), которые в той или иной степени все еще не решены. Сестринская группа сенокосцев остается неуловимой [23]. Морфологические признаки предполагают, что сенокосцы являются либо сестрами скорпионов, либо сестрами более крупной клады, в которую входят скорпионы, псевдоскорпионы и солифугиды. Последние молекулярные филогенетические и филогеномные анализы не позволяют решить вопрос о размещении сенокосцев [в кладограмме, или схеме родства] и не подтверждают тесную связь между сенокосцами и скорпионами [24–26]. Внутри Opiliones (сенокосцев) существует неопределенность относительно взаимосвязей четырех первичных линий (подотрядов Cyphophthalmi, Eupnoi, Dyspnoi и Laniatores), особенно в расположении корневого узла, и в том, образуют ли вместе Eupnoi и Dyspnoi кладу, называемую Palpatores. «Классическая» гипотеза Хансена и Соренсена [27] заключается в том, что Cyphophthalmi является сестрой других подотрядов (вместе называемых Phalangida), и что Palpatores является монофилетическим (рис. 1A). Эта топология является наиболее часто поддерживаемой гипотезой в недавних современных анализах. Однако ранняя качественная работа Мартенса и его сотрудников [28–30] значительно отличается с этой точки зрения (рис. 1B), и существует множество последующих количественных филогенетических исследований, которые предлагают альтернативы классической точке зрения (рис. 1C, 1D). Эти альтернативы, по-видимому, не зависят от типа анализируемых данных (например, молекул в сравнении с морфологией) или аналитического метода (например, метода экономии в сравнении с модельными подходами).

Изображение

23. Shultz JW (2007) A phylogenetic analysis of the arachnid orders based on
morphological characters. Zool J Linnean Soc 150: 221–265.
24. Regier JC, Shultz JW, Zwick A, Hussey A, Ball B, et al. (2010) Arthropod
relationships revealed by phylogenomic analysis of nuclear protein-coding
sequences. Nature 463: 1079–1084.
25. Masta SE (2010) Mitochondrial rRNA secondary structures and genome
arrangements distinguish chelicerates: comparisons with a harvestman (Arachnida: Opiliones: Phalangium opilio). Gene 449: 1–9.
26. Sanders KL, Lee MSY (2010) Arthropod molecular divergence times and the Cambrian origin of pentastomids. Syst Biodiv 8: 63–74.
27. Hansen HJ, Sørensen W (1904) On two orders of Arachnida – Opiliones,
especially the suborder Cyphophthalmi, and Ricinulei, namely the family Cryptostemmatoidae. University Press, Cambridge. 178 p.
28. Martens J (1976) Genitalmorphologie, system und phylogenie der Weberknechte (Arachnida: Opiliones). Entomol Germanica 3: 51–68.
29. Martens J (1980) Versuch eines phylogenetischen Systems der Opiliones. Verh 8 Intern Arachn Kong Wien: 355–360.
30. Martens J (1986) Die Grossgliederung der Opiliones und die Evolution der Ordung (Arachnida). Actas X Congr Int. Arachnol Jaca/Espana I: 289–310».
Изображение
Верующих христиан прошу молитв за здравие раба Божьего Павла Снегового, равно как прошу и всех нерелигиозных участников форума сочувствия и пожелания скорейшего его выздоровления.
Сегодня Павел был госпитализирован в тяжелом состоянии, с серьезным поражением легких.
Друзья, давайте напишем ему слова поддержки – я думаю, что это даст ему силы для борьбы с проклятой заразой.
Алексей Милюков писал(а) 17 апр 2021, 00:26:Верующих христиан прошу молитв за здравие раба Божьего Павла Снегового, равно как прошу и всех нерелигиозных участников форума сочувствия и пожелания скорейшего его выздоровления.
Сегодня Павел был госпитализирован в тяжелом состоянии, с серьезным поражением легких.
Друзья, давайте напишем ему слова поддержки – я думаю, что это даст ему силы для борьбы с проклятой заразой.


Выражаю сочувствие Павлу Снеговому, и выздоровления ему.
Подай, Господи, рабу Твоему Павлу исцеление от болезни его, возврати ему здравие и укрепи его.

Скорейшего выздоровления Павлу и восстановления сил. Держитесь, Павел, как же без вас! В такие минуты как никогда прежде становится заметной ценность человека, за которого мы переживаем. А Павел Снеговой, безусловно, нам далеко не посторонний. Возможно, эти слова могут показаться какими-то некорректными, даже эгоистичными, но говорю совершенно искренне: вы нам нужны, Павел. И не только нам, но и себе. Держитесь.
Николай Хлопотин писал(а) 17 апр 2021, 05:06:Подай, Господи, рабу Твоему Павлу исцеление от болезни его, возврати ему здравие и укрепи его.

Аминь!
Павел, выздоравливайте!
Помолимся. Держитесь, дорогой Павел!

Доступ священника в больницу есть?
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга писал(а) 17 апр 2021, 14:47:Помолимся. Держитесь, дорогой Павел!

Доступ священника в больницу есть?


Я пока мало что знаю. Павел позвонил вчера, говорит так, что разобрать можно с трудом. Сказал, что взяли анализы и ждут результата.
Алексей Милюков писал(а):Я пока мало что знаю. Павел позвонил вчера, говорит так, что разобрать можно с трудом. Сказал, что взяли анализы и ждут результата.

Понятно...
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Выздоровления вам, Павел!

Согласна с Николаем.
Скорейщего и полного Павлу выздоровления.
Желаю полного восстановления и возвращения в строй! :good:
Подписывайтесь на ютуб-канал христианской науки https://www.youtube.com/channel/UChB3deQJaLeeno9vwx0JSRg
Сообщений: 782 Страница 39 из 40

Кто сейчас на форуме

Сейчас этот форум просматривают: Алексей Михайлович и гости: 3