ДЕБАТЫ

Re: ДЕБАТЫ

Сообщение Lex Usoff » 04 дек 2018, 01:06

Максим Гераськин писал(а) 02 дек 2018, 15:09:
Lex Usoff писал(а) 01 дек 2018, 04:30:ERV были обнаружены у кур (иммунологическими методам исследования) в шестидесятых годах. Тогда секвенирования ДНК и в помине не было.


Наша беседа имеет удивительную бессвязность. Какое отношение имеет "обнаружение ERV у кур" к прогнозу касательно "межвидовое совпадение по расположению" и "внутривидовой полиморфизм"?

Вы, по сути, заявили, что научное знание (по крайней мере, относительно ERV) развивалось по принципу "чего видим, о том и поём" вообще без гипотез и специально направленных на их проверку исследований (так я вас понял), а гипотезы (сиречь верифицируемые предсказания) потом придумали популяризаторы задним числом. Я лишь указал, что сие не так. В отношении ERV только сам факт возможности присутствия вирусных генов в качестве наследственной информации многоклеточных животных был обнаружен случайно (методом анализа белков и наблюдением менделевского механизма наследования сего признака). Но потом делали некоторые предположения и проверяли их. В популярной форме об этом можно прочитать здесь ––> https://bio.wikireading.ru/4697.

Требуется заполнить пропуски:
1) Потомки - отличаются от предков
2) Из потомков - выживают наиболее приспособленные
3) Все потомки имеют общего предка
...
n) "Межвидовое распределение ERV в геномах" будет иметь следующие характеристики...
n+1) "Внутривидовой полиморфизм"" будет иметь следующие характеристики...

По поводу ERV я уже представил корректные логические схемы несколько страниц назад, которые логически объединяются с проверяемыми/наблюдаемыми следствиями, сформулированными в виде импликаций. Из вашего же набора посылок, во-первых, выводы будут слишком широкими, входящими в содержание определения понятия "эволюция", а нам нужно вывести что-то конкретно в отношении ERVs. Во-вторых, вторая предпосылка, в такой категорической формулировке, на данный момент – неверная (хотя и входила в набор постулатов классической догматизированной СТЭ): в стабильно больших популяциях действительно выживают наиболее приспособленные (точнее, репродуктивный успех определяется набором каких-либо признаков фенотипа/генотипа особи, то есть воспроизводство потомства является закономерно дифференциальным), но при достаточно сильных падениях размеров популяций (что случается время от времени во многих популяциях вида и, чуть реже, для всего вида в целом) выживать чисто случайно могут и менее приспособленные, и они (везучие) и будут в дальнейшем генотипическим/фенотипическим фактором направления эволюционного вектора //Fortuna Imperatrix Mundi :)//. Хотя, из этой предпосылки можно сделать некоторые самые общие выводы о характере вероятностного распределения зафиксированных вредных/нейтральных/полезных мутаций, но с дополнительными пояснениями и оговорками (я об этом уже писал), особенно если речь идёт об эгоистичных геномных паразитах. Плюс (вне рамок беседы о ERV) связь (1) и (2) – неоднозначная: явно, что (2) ограничивает (1) адаптивностью, и, в зависимости от режимов отбора и характера изменений, фактор (2) может как минимизировать отличия потомков от предков, так и способствовать накоплению отличий. В-третьих, в предпосылках (или хотя бы в одной из них) необходимо присутствие тезисов, касающихся генетических событий, так как в выводе у нас будут фигурировать утверждения из области сравнительных исследований геномов, иначе не будет (явной) связи между выводом и посылками (притом, что недостаточная конкретизация и пропуски логических утверждений допустимы, если они очевидны для всех участников беседы и, по этому, не страдает смысл логических построений). В-четвёртых, похоже, что вы хотите построить логические конструкции в форме силлогизма, где вывод должен быть проверяемым (как и KKND_4936 (Артём)) и, тем самым, он должен подтверждать истинность посылок, хотя в силлогизме проверяемыми должны быть посылки.


Однако попытаюсь построить логические связки на базе предлагаемых вами посылок (при неизбежной их корректировке и дополнении). Но это будет не силлогизма, а иная схема, где посылки (теоретические положения из экспериментальных данных) предполагают некоторые наблюдаемые следствия, при условии наличия общего предка у современных видов, тем самым, подтверждая данную гипотезу. То есть это будет некая сложная форма импликации, где следствия из предпосылки условно зависимы от дополнительного утверждения.

Комплекс предпосылок.
1) Потомок получает от предков высокоточную копию генома (с учётом комбинаторной изменчивости у диплоидных организмов).

2) Абсолютно безошибочное копирование генетической информации невозможно, и поэтому потомки отличаются от предков набором мутаций (в том числе, иногда, мутациями в виде провирусных вставок ERV).

3) Чем больше циклов копирования отделяет геном потомка от предкового генома, тем большее количество ошибок копирования накопится (см. пункт 2), то есть, чем раньше разошлись виды на отдельные эволюционные ветви и чем древнее их общий предок, тем больше будут различаться межвидовые геномы (*).

4) Мутация возникает в ДНК половой клетки (многоклеточного организма) у одной особи, передаётся по наследству (см. пункт 1) и постепенно фиксируется/элиминируется в популяции с разной скоростью и вероятностью в зависимости от характера мутации и размера популяции, и до момента фиксации/элиминации присутствует в популяции с некоторой частотой.

5) При режимах естественного отбора, характерных для популяций большого размера, с большей вероятностью в генофонде популяции фиксируются полезные, нейтральные или почти нейтральные мутации, фиксация вредных мутаций маловероятна (то, что вы называете "выживают наиболее приспособленные потомки").

6) Относительно вредные мутации могут зафиксироваться в генофондах популяций: а) в популяциях малого размера случайно (генетический дрейф); b) в популяциях большого размера сцеплено с полезными мутациями при скомпенсированной выгоде под действием положительного отбора (генетическая тяга).

7)Рассматриваемая мутация (эндогенная провирусная вставки) появляется в относительно случайном участке генома.

Дополнительное гипотетическое утверждение: (А) Все потомки (или некоторые, в зависимости от глубины взгляда в прошлое) имеют общего предка (то есть копии геномов потомков получены от определённого предкового оригинала).

Не все следствия условно зависимы от (А), поэтому сначала сформулирую три зависимых следствия, а потом прямые следствие из посылок.

Комплекс следствий.
1. Если А, то должны наблюдаться ортологичные ERV (с совпадающим расположением после выравнивания последовательностей ДНК в гомологичных локусах хромосом) в геномах нескольких сравниваемых видов (следствие из 1 и 7).

2. Если А, то видоспецифичные ERV должны быть меньше повреждены мутациями, в частности должно наблюдаться меньшее расхождение между LTR каждого отдельно взятого видоспецифичного ERV по сравнению с расхождением LTR ERVs, которые ортологичны для геномов нескольких видов (следствие из посылки 3 с учётом выводов 1 и 4).

3. Если А, то конкретный не рекомбинантный ERV, ортологичный для геномов нескольких видов, должен принадлежать к одному семейству вирусов, так как это, по сути, древняя копия одного и того же вируса (следствие из 1).

4. Должны наблюдаться не-ортологичные видоспецифичные ERV, накопленные в отдельной эволюционной линии (следствие из 2 и 7).

5. При сравнительном анализе (достаточно большого количества) геномов особей одного вида должен наблюдаться внутривидовой полиморфизм по ERV с высокой вероятностью (следствие из 4). Но низкий генетический полиморфизм (по всем параметрам, включая отсутствие полиморфизма ERVs) может наблюдаться для видов, недавно прошедших через бутылочное горлышко, что, судя по всему, не случалось с homo sapiens десятки тысяч лет. Поэтому данный вывод лучше всего относится именно к людям, ещё и с учётом того, что именно человеческих геномов на данный момент исследовано больше всего (по сравнению с геномами других видов), а вид весьма многочисленный и распространённый по планете.

6. Большинство зафиксированных ERV должны наблюдаться как нейтральные или полезные мутации, изредка некоторые ERV могут иметь патогенные свойства (следствие из 5 и 6). Что, в общем-то, тривиально. Но это всё, что можно сказать по поводу того, что "из потомков – выживают наиболее приспособленные" при анализе ERV. Я уже давно написал, что ERVs могли распределиться в геномах зверушек так, как мы это наблюдаем и при искусственном отборе, растянувшемся на 50 или 100 миллионов лет. То есть ERV – не об эволюционных механизмах, а об общем предке, это филогенетические маркеры – не более того.

Можно было бы ещё сформулировать некоторые более сложные следствия, условно зависимые от А, но и так получается слишком громоздко.


----------------------------------------------------------------------------
(* к предпосылке 3) ///Краткий обзор молекулярной филогенетики в "Логике случая" ––> https://ours-nature.ru/lib/b/book/2862322221/13. ... Кунин пишет: "Здесь необходимо отметить, что то, что последовательности генов, кодирующих «один и тот же белок» (то есть белки с одинаковым действием и сходными свойствами), в различных организмах оказались очень сходными – и, более того, степень схожести этих последовательностей отрицательно коррелировала с филогенетическим расстоянием между данными организмами, – можно рассматривать как наилучшее и исчерпывающее доказательство реальности эволюции".///
Lex Usoff
Форумчанин
 
Сообщений: 35
Зарегистрирован: 26 июн 2018, 06:09

Re: ДЕБАТЫ

Сообщение Lex Usoff » 04 дек 2018, 01:11

Максим Гераськин писал(а) 02 дек 2018, 15:09:
Из (1) "потомки - отличаются от предков" логически следует неадаптивная эволюция

Это хороший образчик мышления - смотрим на текст, что-то такое показалось и вперед, понеслась, вольная фантазия, "следует", "доказано" и так далее.

На деле тут нет следования, а есть, как минимум, два положения:

- потомки отличаются от предков
- отличия неадаптивны

Обосновать второе трудно, но можно, например, тестом Лурии — Дельбрюка. Про это дело есть хорошая статья Константина Северинова, причем, он приводит опровергающий вариант и честно пишет: : Выбор кишечной палочки для опыта был случайный, если бы они взяли Streptococcus thermophilus не очень даже понятно, где бы мы сейчас были, потому что данные бы показывали явно не то, что авторы опыта хотели бы видеть, ведь они были внутренне готовы именно к дарвиновскому механизму

Не только E. Coli демонстрировала наличие мутаций неадаптивных, но выгодных впоследствии для выживания, то есть дарвиновскую адаптивную эволюцию. Но не столь важно то, в каком режиме идёт адаптация, в дарвиновском или ламарковском (отбор живучих, кстати, присутствует в любом режиме). Для Streptococcus thermophilus тоже характерна неадаптивная изменчивость (как и для всех, просто в силу ошибок передачи наследственной информации). Поэтому, если мы постулировали изменчивость, то при отсутствии отбора (никаких вирусов) теоретически ничто не мешает зверушкам изменяться в ту или иную сторону, и таки сдрейфить сколь угодно далеко от исходного состояния в разных популяциях. Так что из изменчивости эволюция – следует.

в разных исследованиях в геномах искали ERV целенаправленно по заранее намеченным планам, исходя из предварительных гипотез (распределение между видами, видоспецифичные ERV, внутривидовой полиморфизм ERV и т.п.)
Можете показать цитаты из научных работ, в которых бы делались предсказания касательно "межвидовое совпадение по расположению" и "внутривидовой полиморфизм"?


Предварительные гипотезы построены на базовых знаниях в области геномики, популяционной генетики и логических связках, примерно таких, которые я вам сформулировал в предыдущем сообщении, и основываются на данных предшествующих научных работ. Отсюда формулируется план исследований – что и как делать для получения нового знания. Всё это естественным образом присутствует в любой научной работе по данной тематике как само собой разумеющиеся (примерно так ––> http://www.pnas.org/content/96/18/10254.full, или так ––> http://www.pnas.org/content/101/6/1668.full). Исследовать историю развития мысли в этой сфере мне недосуг, особенно с цитированием статей из бумажных журналов "Science" или "Virology" семидесятых и восьмидесятых годов.
Lex Usoff
Форумчанин
 
Сообщений: 35
Зарегистрирован: 26 июн 2018, 06:09

Re: ДЕБАТЫ

Сообщение Максим Гераськин » 04 дек 2018, 11:57

Lex Usoff писал(а) 04 дек 2018, 01:06:В популярной форме об этом можно прочитать здесь ––> https://bio.wikireading.ru/4697.


Мне нужна цитата из научной работы на тему априорного предсказания "Межвидовое распределение ERV в геномах"/"Внутривидовой полиморфизм".

1. Если А, то должны наблюдаться ортологичные ERV (с совпадающим расположением после выравнивания последовательностей ДНК в гомологичных локусах хромосом) в геномах нескольких сравниваемых видов (следствие из 1 и 7).


Тут нет следования по правилам логики. Кроме того, понятие "высокоточная" из (1) - мутноватая формулировка, под которую можно потом подвести желаемое. Т.е. как бы "высокоточная" - позицию же нужно сохранить - но и мутации есть.
Последний раз редактировалось Максим Гераськин 04 дек 2018, 13:13, всего редактировалось 1 раз.
Аватар пользователя
Максим Гераськин
Форумчанин
 
Сообщений: 82
Зарегистрирован: 27 апр 2015, 14:47
Откуда: Saint Petersburg, Russia

Re: ДЕБАТЫ

Сообщение Lex Usoff » 04 дек 2018, 13:12

Максим Гераськин, тонкий троллинг. Сначала предлагаем построить логические конструкции по поводу смертности Сократа, а когда оппонент это сделает (все люди смертны, Сократ человек, следовательно, Сократ смертен), начинаем докапываться. Мол, посылка "все люди смертны" – это некорректный постулат из неполной индукции, мы всех людей не проверяли, связь Сократа с людьми не раскрыта, может это собака, так же как и Бетховен, и вообще, смерть – смутное понятие, дайте чёткие цитаты с определением понятия "смерть" из учебников медицины девятнадцатого века :).
Lex Usoff
Форумчанин
 
Сообщений: 35
Зарегистрирован: 26 июн 2018, 06:09

Re: ДЕБАТЫ

Сообщение Максим Гераськин » 04 дек 2018, 13:16

Lex Usoff писал(а) 04 дек 2018, 13:12:а когда оппонент это сделает (все люди смертны, Сократ человек, следовательно, Сократ смертен), начинаем докапываться


С Сократом все хорошо. А вот с:

1. Потомок получает от предков высокоточную копию генома (с учётом комбинаторной изменчивости у диплоидных организмов).
2. Абсолютно безошибочное копирование генетической информации невозможно, и поэтому потомки отличаются от предков набором мутаций (в том числе, иногда, мутациями в виде провирусных вставок ERV).
7. Рассматриваемая мутация (эндогенная провирусная вставки) появляется в относительно случайном участке генома.
A. Все потомки (или некоторые, в зависимости от глубины взгляда в прошлое) имеют общего предка (то есть копии геномов потомков получены от определённого предкового оригинала)
Вывод: Должна наблюдаться ортологичные ERV (с совпадающим расположением после выравнивания последовательностей ДНК в гомологичных локусах хромосом) в геномах нескольких сравниваемых видов

все плохо. Это несвязанные суждения.

Помимо отсутствия требуемой связи, используются неопределенные понятия типа "высокоточная".
Аватар пользователя
Максим Гераськин
Форумчанин
 
Сообщений: 82
Зарегистрирован: 27 апр 2015, 14:47
Откуда: Saint Petersburg, Russia

Re: ДЕБАТЫ

Сообщение Lex Usoff » 04 дек 2018, 15:07

Максим Гераськин писал(а) 04 дек 2018, 13:16:1. Потомок получает от предков высокоточную копию генома (с учётом комбинаторной изменчивости у диплоидных организмов).
2. Абсолютно безошибочное копирование генетической информации невозможно, и поэтому потомки отличаются от предков набором мутаций (в том числе, иногда, мутациями в виде провирусных вставок ERV).
7. Рассматриваемая мутация (эндогенная провирусная вставки) появляется в относительно случайном участке генома.
A. Все потомки (или некоторые, в зависимости от глубины взгляда в прошлое) имеют общего предка (то есть копии геномов потомков получены от определённого предкового оригинала)
Вывод: Должна наблюдаться ортологичные ERV (с совпадающим расположением после выравнивания последовательностей ДНК в гомологичных локусах хромосом) в геномах нескольких сравниваемых видов

все плохо. Это несвязанные суждения.

1. В типографии делают высокоточные (точные, но не абсолютно) ксерокопии определённых текстовых документов с использование нескольких копировальных устройств по принципу: каждый следующий комплект документов копируется с предыдущего, а предыдущий комплект через некоторое время утилизируется и не участвует в копировании. Копирование осуществляется в разных отделах типографии на разных этажах.

2. Безошибочное ксерокопирование невозможно в силу особенностей копировальных устройств, и поэтому каждая следующая копия отличается от предыдущей некоторым набором ошибок.

7. Ошибки изредка появляются в случайных местах текста.

Предположим, что мы можем видеть копирование документов друг с друга только в пределах типографского отдела на каком-либо этаже, но не видим, как документы носят с этажа на этаж, и не знаем, какова связь между документами, которые создают в разных отделах типографии, хотя наблюдаем при сравнении, что тексты у них относительно похожи. Мы делаем дополнительное утверждение (A): все копии текстовых документов (или некоторые, в зависимости от глубины взгляда в прошлое) восходят к общему оригиналу.

Вывод: Если А, то в текстах двух или нескольких документов, откопированных в разных отделах типографии на разных этажах, должны присутствовать совпадающие ошибки, то есть ошибки, которые находятся в одних и тех же местах после выравнивания текстов, даже если при сравнении (выравнивании) текстов этих нескольких документов обнаруживается, что не все буквы, слова и предложения совпадают, некоторые страницы утеряны, другие переставлены, а некоторые перевёрнуты вверх тормашками.

При таких условиях, после обнаружения совпадающих ошибок, гипотеза об общем оригинале подтверждается железно (особенно, если длина текста документа – 2 или 3 миллиарда букв).
Lex Usoff
Форумчанин
 
Сообщений: 35
Зарегистрирован: 26 июн 2018, 06:09

Re: ДЕБАТЫ

Сообщение Максим Гераськин » 04 дек 2018, 15:37

Lex Usoff писал(а) 04 дек 2018, 15:07:...


То же самое, только компактно и логично.

1. Обобщение по индукции. Схожие элементы генома у обезьяны и человека - совпадают по позиции
2. Факт. ERV1 - элемент генома обезьяны
3. Факт. ERV2 - элемент генома человека
4. Факт. ERV1 и ERV2 - схожие элементы генома у обезьяны и человека
5. Вывод. ERV1 и ERV2 - совпадают по позиции

Ваша гигантская теория, она, конечно, может родится, наверное. Но она не то, что неверна - она ненужна.

Гора пытается родить мышь. Но зачем?
Аватар пользователя
Максим Гераськин
Форумчанин
 
Сообщений: 82
Зарегистрирован: 27 апр 2015, 14:47
Откуда: Saint Petersburg, Russia

Re: ДЕБАТЫ

Сообщение Lex Usoff » 04 дек 2018, 15:48

Максим Гераськин, я не собирался рождать теорию – это слишком круто для меня. Я всего лишь выполнил ваше требование (на которое мне дал ссылку KKND_4936 (Артём) ––> https://livelogic.livejournal.com/3391.html) в отношении одного из теоретических утверждений ТЭ о происхождении одних видов организмов от других видов организмов в результате дивергенции: ""Чтобы проверить гипотезу, делаем предсказание, следующее из нашей гипотезы". Все понятно, из гипотезы, помимо того, что она объясняет, должен следовать еще один вывод - для проверки".

P.S. Присмотрелся, и думаю, что следствие "3. Если А, то конкретный не рекомбинантный ERV, ортологичный для геномов нескольких видов, должен принадлежать к одному семейству вирусов, так как это, по сути, древняя копия одного и того же вируса" является фальсифицирующим для всей концепции.
Lex Usoff
Форумчанин
 
Сообщений: 35
Зарегистрирован: 26 июн 2018, 06:09

Re: ДЕБАТЫ

Сообщение Lex Usoff » 04 дек 2018, 16:07

Максим Гераськин писал(а) 04 дек 2018, 15:37:То же самое, только компактно и логично.

1. Обобщение по индукции. Схожие элементы генома у обезьяны и человека - совпадают по позиции
2. Факт. ERV1 - элемент генома обезьяны
3. Факт. ERV2 - элемент генома человека
4. Факт. ERV1 и ERV2 - схожие элементы генома у обезьяны и человека
5. Вывод. ERV1 и ERV2 - совпадают по позиции

Нет, не то же самое. Ваше "схожие элементы генома у обезьяны и человека - совпадают по позиции" аналогично (при этом недостаточно корректно) утверждению из моего метафорического примера "не видим, как документы носят с этажа на этаж, и не знаем, какова связь между документами, которые создают в разных отделах типографии, хотя наблюдаем при сравнении, что тексты у них относительно похожи". Предлагаю вам самостоятельно разобраться, в чём разница между обобщением по индукции и доказательством утверждения, исключающем альтернативы.
Lex Usoff
Форумчанин
 
Сообщений: 35
Зарегистрирован: 26 июн 2018, 06:09

Re: ДЕБАТЫ

Сообщение Максим Гераськин » 04 дек 2018, 16:30

Lex Usoff писал(а) 04 дек 2018, 16:07:Нет, не то же самое


Ну конечно, речь не идет о полном эквиваленте.

Первое главное отличие - у меня утверждения связаны в логическую цепь, и вывод, соответственно, следует из посылок.
Второе главное отличие - простота.

Цитаты из научных работ на тему априорного предсказания "Межвидовое распределение ERV в геномах"/"Внутривидовой полиморфизм" будут?
Аватар пользователя
Максим Гераськин
Форумчанин
 
Сообщений: 82
Зарегистрирован: 27 апр 2015, 14:47
Откуда: Saint Petersburg, Russia

ДЕБАТЫ

Сообщение SergeCpp » 13 дек 2018, 14:46

Астрологические дебаты
https://scinquisitor.livejournal.com/149916.html => http://archive.li/kB8xt

vadymukraine
Все классно, все понравилось, но оппонент вам достался слабенький.

scinquisitor
Мне почему-то про всех оппонентов так говорят.

magpie73
Возможно. Но про Кураева - это точно замечено. Попробуйте, он, кстати, может и согласиться - типа "на слабо". Он умный, будет интересно

[ нет ответа от scinquisitor ]

il_k
Ну очень неубедительно и предсказуемого они выглядят. Что касается умных оппонентов? Мне кажется, что они откажутся. Кураев разве что может. Большинство же понимает, что они будут выглядеть на такой дискуссии в очень невыигрышном свете.

[ нет ответа от scinquisitor ]

gonchar
У Вас безусловный талант выбора нужных Вам оппонентов. :)))

scinquisitor
Только ни одного оппонента я не выбирал

gonchar
Ну, значит, у тех, кто организовывает эти штуки.

scinquisitor
На больших дебатах мне кажется, что отбирали по научным каким-то регалиям/профилю.

//
Есть нечто странное в простых предметах.
Аватар пользователя
SergeCpp
Форумчанин
 
Сообщений: 23
Зарегистрирован: 05 апр 2018, 21:50
Откуда: At Home

Пред.

Вернуться в Апологетика и богословские вопросы

Кто сейчас на форуме

Сейчас этот форум просматривают: SemrushBot, yandex [Bot] и гости: 3

Golden Time-Золотое Время. История, религия, наука