Сообщений: 325 Страница 9 из 17
Пред. 1 ... 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 ... 17 След.
KKND_4936 (Артём) писал(а) 26 ноя 2018, 22:16:
р.Б.Константин » писал(а):Артём, вы понимаете, что ваша переписка с Лёнчиком - это как ретротранспозоны в теле генома?

М-м-м... Вы намекаете на то, что я имею дело с while(1) и что полезнее было бы break ?

Польза таких бесед во многом -- для стороннего читателя. И если сторонний читатель достаточно осведомлён в полемических приёмах (что несложно, всем им не одна тысяча лет; да и применяются они, зачастую, совсем не по-цицероновски /*/), то он достаточно легко увидит, что и как говорится и что и как скрывается. Давно читаю разнообразные беседы и прекрасно вижу все эти отговорки и тени на плетени. Плюс стороннего чтения ещё в том, что легче даётся отстройка от часто навязываемой эмоциональности и специально для этого подбираемых эпитетов, типа горьковского "гордый буревестник" vs "жирный пингвин" и подобных "мудрых [ с отрицательным намёком ] пескарей". Разочарование лишь, что уже какую тысячу лет к этому прибегают и что это, увы, так часто срабатывает.

/*/ Из вики:

Казалось бы, справедливость утверждения Брута настолько очевидна, что не нуждается в доказательствах, но, поскольку с ним не согласны стоики и эпикурейцы, а академики прибегают к уловкам, чтобы уйти от прямого ответа (§ 22—24), Цицерон с большим литературным талантом разоблачает их заблуждения, а затем, будучи опытным полемистом, меняет аргументацию, чтобы доказать их же правоту.

https://ru.m.wikipedia.org/wiki/Тускуланские_беседы
Есть нечто странное в простых предметах.
Максим Гераськин писал(а) 27 ноя 2018, 13:33:
Lex Usoff писал(а) 27 ноя 2018, 03:02:Вопрос не понял. Вообще-то, по наблюдениям, участки хромосом – тасуются.

Именно. Таким образом, теория эволюции предсказывает - участки хромосом (и, соответственно, то, что идентифицируется как ERV) не будут совпадать по расположению.


Окей, значит, вы не поняли, что значит "совпадать по расположению".

Этот тезис может быть подтвержден каким-либо весомым источником? Текст желателен примерно такой: "С начала семидесятых годов XX века общепризнанным фактом в биологии является эволюция генома (а вслед за ним и фенома) через рекрутирование нефункциональных элементов генома".


Здесь, сорри, моё утверждение было не вполне корректно сформулировано и допускало интерпретацию, будто уже давно по представлениям СТЭ главным режимом эволюции генома является функциализация нефункциональных элементов ДНК. Нет, для СТЭ, особо классической, доминантной является идея отбора функционирующих генов по полезным/вредным мутациям. И ещё уточню. Концепция появления новых генов при дублировании гена с появлением свободной от прежней функции копии и появление у неё новой функций – это тридцатые годы 20 века (Холдейн и др.), когда ещё не знали, что собой представляет ген на самом деле. Большая часть ДНК (у людей) мусорная и нейтральная по мутациям, большой процент псевдогенов в ДНК – семидесятые годы. Возможность "одомашнивания" мобильных генетических элементов – идея середины восьмидесятых, принятая большинством научного сообщества к концу девяностых началу 21 века после появления достаточного исследовательского материала в области геномики. Доскональный разбор истории эволюционной биологии с поиском цитат тридцатилетней/семидесятилетней давности от представителей конкурирующих научных концепций – увольте.
Lex Usoff писал(а) 28 ноя 2018, 03:31: Доскональный разбор истории эволюционной биологии с поиском цитат тридцатилетней/семидесятилетней давности от представителей конкурирующих научных концепций – увольте.

И главное, какой в этом смысл?
Kакое это имеет отношениe к теистической апологетике (предмет данного форума) или к доказательству ID?
Никакого.

ТЭ эволюции может быть опровергнута завтра и это ни на миллиметр не приблизит ни "разумный дизайн" ни "разумного дизайнера" к статусу доказанного.
И то и другое должно быть доказано автомомно, само по себе.
Или ТЭ или ID это ложная дилема, логическая ошибка.
Кроме логики, в биологии и математика "не приветствуется" порой.

Прочитал в ЖЖ:

"Почти одновременно с Гамовым (США) (1958 г.) и, похоже, даже немного раньше очень сходные выкладки (основные параметры генетического кода) совершенно независимо подготовил другой ученый — молодой советский эмбриолог Александр Александрович Нейфах. Но его статью не приняли к публикации! “Редакция “Известий Академии наук. Серия биологическая” отклонила статью, сославшись на то, что формальные математические соображения неприменимы к такой самобытной науке, как биология”.

https://ivanov-petrov.livejournal.com/2162516.html
Есть нечто странное в простых предметах.
Lex Usoff писал(а) 28 ноя 2018, 03:31:Окей, значит, вы не поняли, что значит "совпадать по расположению".


Ну, маргинальные теории часто эзотеричны.
Смысл "совпадения по расположению" вообще вторичен. Первично вот что:

1) Потомки - отличаются от предков
2) Из потомков - выживают наиболее приспособленные

Из этого надо вывести межвидовое "совпадение по расположению", что бы это ни значило.

Ученые этим, конечно, не занимаются, разве что в свободное от работы время. Какие-то элементы генома априорно сохраняют свое "местоположение"? С чего вдруг? Ведь известно, например: "Концептуально родственным важным открытием стало обнаружение транспозонов, или «прыгающих генов», сначала Барбарой Макклинток в 1940-х годах в растениях, а затем и в животных. Эти транспозоны стали затем известны как мобильные элементы (то есть генетические элементы, которые имеют тенденцию часто менять свое место в геноме; McClintock, 1984). Демонстрация вездесущности мобильных элементов привела к концепции высокодинамичных, постоянно меняющихся геномов задолго до рождения современной геномики".

Наука действует совсем по другому принципу - смотрим на геном, а по нему уже восстанавливаем эволюционную картину. Кто прыгал, откуда, куда, а кто консервативно "совпадал по расположению".
Максим Гераськин писал(а) 28 ноя 2018, 23:55:Смысл "совпадения по расположению" вообще вторичен. Первично вот что:

1) Потомки - отличаются от предков
2) Из потомков - выживают наиболее приспособленные

Из этого надо вывести межвидовое "совпадение по расположению", что бы это ни значило.


Обращаю внимание (третий раз уже в здешней беседе об эндогенных ретровирусах), что распределение ERVs в геномах видов указывает только на наличие общего предка. Из чего формулируются некоторые проверяемые следствия по количеству мутаций в ERV и внутривидовому полиморфизму, что помогает строить филогенетические деревья по молекулярно-генетическим данным (особенно для относительно родственных видов). Фразу "совпадение расположения" я употребил в беседе с KKND_4936 (Артём) для большей ясности (как мне казалось). В научных статья речь будет идти о доказательствах ортологии вставок ERV в геномах видов. Ортология выводится (или не выводится) из выравнивания генетических текстов (это главное) и исследования синтении в сравниваемом участке. Факт наличия общего предка у современных видов логически не связан с тем, что "выживают наиболее приспособленные". Может, выжили самые живучие, а может, самые везучие – х.з.

Какие-то элементы генома априорно сохраняют свое "местоположение"? С чего вдруг? Ведь известно, например: "Концептуально родственным важным открытием стало обнаружение транспозонов, или «прыгающих генов», сначала Барбарой Макклинток в 1940-х годах в растениях, а затем и в животных. Эти транспозоны стали затем известны как мобильные элементы (то есть генетические элементы, которые имеют тенденцию часто менять свое место в геноме; McClintock, 1984). Демонстрация вездесущности мобильных элементов привела к концепции высокодинамичных, постоянно меняющихся геномов задолго до рождения современной геномики".


Барбара Макклинток открыла ДНК-транспозоны (перемещаются методом "вырезал и вставил"), как впоследствии стало понятно. ERV – это ретротранспозоны (перемещаются методом "откопировал и вставил"). ДНК вставка ретротранспозона, с которой могут быть сделаны новые копии и вставки, остаётся на своём месте, и если полностью удаляется, то с примерно той же вероятностью, что и другие участки ДНК (с некоторыми оговорками). При этом удаление совсем без следов (с точностью до нуклеотида, включая удаление нескольких дублированных нуклеотидов сайта мишени) так, чтобы геномы отлично выравнивались по тем же буквам (что часто возможно для филогенетически близких видов), словно вставки и не было – очень маловероятно. Чаще случается, что не с чем сравнивать – в одном геноме есть определённый ERV, а в другом геноме вообще отсутствует данный локус из-за крупной делеции (существенно более длинной, чем длина ERV). Если тип ретротранспозона имеет длинные концевые повторы (LTR), то велика вероятность выпадения большей части ретро-вставки с образованием solo-LTR. Так как последовательности LTR специфичны для каждого семейства вирусов, то solo-LTR иногда можно чётко идентифицировать как остаток полноразмерного ERV (полиморфизм ортологичных ERV и solo-LTR тоже наблюдается, включая внутривидовой полиморфизм в человеческих популяциях).

Наука действует совсем по другому принципу - смотрим на геном, а по нему уже восстанавливаем эволюционную картину. Кто прыгал, откуда, куда, а кто консервативно "совпадал по расположению".


Да :) .
Lex Usoff писал(а) 29 ноя 2018, 05:18:Обращаю внимание (третий раз уже в здешней беседе об эндогенных ретровирусах), что распределение ERVs в геномах видов указывает только на наличие общего предка.


Чтобы "раcпределение указывало" оно должно следовать из общего предка:

1) Потомки - отличаются от предков
2) Из потомков - выживают наиболее приспособленные
3) Все потомки имеют общего предка
...
n) "Распределение ERV в геномах"

В принципе, это движение в правильном направлении, тезис "Все потомки - имеют общего предка" попал в постулаты теории. Такого нигде не прочитаешь, так что новизна налицо.

И это, считаю, правильная новизна - принимаем, как данность, что все произошли от общего предка, и далее трактуем все через эту призму.

Однако, требуемый вывод про "распределение" никак не следует из посылок. Есть какие-то фундаментальные законы, которые априорно запрещают генам и другим элементам ДНК "тасоваться" от вида к виду? Таких законов нет, по крайней мере, (1) (2) и (3) про это дело молчат. Более того, как Кунин уже говорил: "Демонстрация вездесущности мобильных элементов привела к концепции высокодинамичных, постоянно меняющихся геномов задолго до рождения современной геномики". Так что ученые не занимаются такого рода предсказаниями.

Вот Вы пишите: "и если полностью удаляется, то с примерно той же вероятностью, что и другие участки ДНК". С какой "той же"? Разве (1) (2) и (3) что-то говорят про скорость этого типа мутагенеза?. Пузырчатка вообще все эти мобильные чудеса себе взяла и поудаляла. Ну или кто-то за нее, кто там у нас удаляющий субъект?

Поэтому ученые ничего такого не предсказывают, они работают: Как показали расчеты, скорости молекулярной эволюции в разных локусах и разных ветвях в пределах класса млекопитающих различаются не меньше чем на порядок
Максим Гераськин писал(а) 29 ноя 2018, 23:41:Чтобы "раcпределение указывало" оно должно следовать из общего предка:

1) Потомки - отличаются от предков
2) Из потомков - выживают наиболее приспособленные
3) Все потомки имеют общего предка
...
n) "Распределение ERV в геномах"

"Распределение ERV в геномах", не абы какое, а вполне определённое, следует из (3) "имеют общего предка" и данных из области популяционной генетики. Повторяю, к тому же, что этот достаточно строгий количественный метод оценки филогенетического родства между видами работает корректно не для всех видов на Земле, а на ограниченных эволюционных расстояниях, например, в пределах отряда приматов (в некоторых случаях в пределах класса, как продемонстрировано в статье, на которую я давал ссылку, для инфракласса плацентарных млекопитающих).

Из (1) "потомки - отличаются от предков" логически следует неадаптивная эволюция. Из (2) "выживают наиболее приспособленные" логически следует целесообразность, не требующая предвосхищения результата (то есть разума). Из взаимосвязи (1) и (2) следует естественная адаптивная эволюция.

Есть какие-то законы, которые априорно запрещают генам и другим элементам ДНК "тасоваться" от вида к виду? Таких законов нет, по крайней мере, (1) (2) и (3) про это дело молчат.

Да вообще не важно, о чём молчат (1) (2) и (3), в контексте анализа ортологии некоторых элементов генома сравниваемых видов. Мы, исходя из концепции общего предка, предполагаем кое-что увидеть в процессе сравнения геномов. И мы это видим, плюс к тому, видим, насколько перетасовались геномы у сравниваемых видов.

Более того, как Кунин уже говорил: "Демонстрация вездесущности мобильных элементов привела к концепции высокодинамичных, постоянно меняющихся геномов задолго до рождения современной геномики".

Ну, так читайте "Логику случая" дальше, раз уж начали эту книгу цитировать. Как раз в следующем параграфе про ортологи и паралоги. Если цитаты не выдёргивать из контекста, то высокая динамичность геномов понимается не безотносительная – имеется в виду, что архитектура генома, определяемая, кроме прочего, и активностью МГЭ, существенно менее консервативна по отношению к консервативности (в целом) функциональных кодирующих белок участков и некоторых регуляторных участков. Но геномы в процессе эволюции не настолько сильно прекосячивает, что бы их совсем невозможно было выравнивать в пределах какого-либо отряда многоклеточных организмов, поэтому на определённых эволюционных расстояниях можно определить, где ортологи, а где паралоги и в отношении мобильных элементов (в том числе нефункциональных), а при уменьшении филогенетического родства анализировать надо будет функциональные гены (количество копий гомологичных генов и степень их расхождения). И, в целом, в "Логике случая", Кунин подробно рассматривает эволюцию геномов от доклеточного мира до одноклеточных, включая теорию симбиотического происхождения эукариотических организмов, то есть эволюции многоклеточных Кунин почти не касается, поэтому он пишет и о масштабном горизонтальном переносе генов, и о необходимости замены молекулярного филогенетического древа на филогенетические сети и леса.

Вот Вы пишите: "и если полностью удаляется, то с примерно той же вероятностью, что и другие участки ДНК". С какой "той же"? Что, (1) (2) и (3) что-то говорят про скорость этого типа мутагенеза? Ничего они не говорят.

Поэтому я и написал (в скобочках), что о вероятности делеций ДНК надо говорить с некоторыми оговорками. Эта вероятность будет зависеть от архитектуры тех или иных участков генома (и, возможно, ещё от чего-то). Причём о скорости какого-либо типа мутагенеза у какого-либо типа организмов что-либо сказать могут экспериментальные данные из разных сфер биологии (и с учётом исключений, характерных для биологических систем).

Пузырчатка вообще все эти мобильные чудеса себе взяла и поудаляла.


Значит, мы не будем сравнивать ERVs в геномах приматов с геномом пузырчатки, как и с геномами других растений, у которых присутствует мусорная ДНК – на таких эволюционных расстояниях "мобильные чудеса" сильно отличаются и вообще уже ничего не выравнивается по нефункциональным последовательностям. И обратите внимание, что в ситуации с пузырчаткой тоже справедливо утверждение "если полностью удаляется //какое-то "мобильное чудо"//, то с примерно той же вероятностью, что и другие участки ДНК" (речь шла, конечно же, о нефункциональных участках генома).
Lex Usoff писал(а) 30 ноя 2018, 04:26:"Распределение ERV в геномах", не абы какое, а вполне определённое, следует из (3) "имеют общего предка" и данных из области популяционной генетики


Понятно. "Вот постулат, но никаких выводов из него я не покажу, даже начала цепочки, все сложно - см. популяционную генетику".

Так неинтересно - просили же вывод показать, надо было сразу признаться, мол, не могу. В принципе, через указанные дебри можно построить что-то, но не нужно.

На самом деле наука работает таким образом.

1) Секвенируем ДНК. На этом этапе все вполне научно и максимально полезно, здесь можно выделить повторяющиеся паттерны, выявить "межвидовое совпадение по расположению", определить "внутривидовой полиморфизм" - т.е. все то, что якобы "предсказывается", на самом деле получается на первом этапе.
2) Второй этап не имеет практического смысла, но безвреден. На нем повышается "теоретическая нагрузка" - факты первого этапа рассматриваются через призму "все имеют общего предка" и делаются выводы про этапы эволюционного пути. Применяется мощная математика, остроумные конструкции, все, в целом, логично. Выводы, однако, бесполезны, так как делаются в "теоретический космос", по сути считаются пресловутые ангелы на кончике иглы. Некоторая польза, впрочем, есть, например, появляется терминология типа "ERV", возникает общий язык, который понимают все частники процесса - ну и то хлеб. Здесь наука кончается.
3) Появляются просветители и предсказывают то, что было на этапе (1). Понятно, что предсказывется удачно, так как результат заранее известен. Доходит до курьезов, один из которых я приводил выше. Ученые нашли, что палеонтологические и молекулярные данные противоречат друг другу и откалибровали молекулярку по палеонтологии. Просветители просвещают - молекулярные и палеонтологические данные строго соответствуют друг другу. Ну конечно - как они могут не соответствовать?

Из (1) "потомки - отличаются от предков" логически следует неадаптивная эволюция. Из (2) "выживают наиболее приспособленные" логически следует целесообразность, не требующая предвосхищения результата (то есть разума). Из взаимосвязи (1) и (2) следует естественная адаптивная эволюция.


Ну что, силы строить умозаключения, я так понимаю, закончились, теперь просто сбрасываем дампы ассоциаций? :)

Ну, так читайте "Логику случая" дальше, раз уж начали эту книгу цитировать.


У меня же цель была не начать цитировать, а проюллюстрировать цитатой мысль - априорные суждения про "постоянство расположения" неуместны начиная с 40-х годов прошлого века. А дальнейшее уже к этому не относится, зачем же цитировать все подряд?
Максим Гераськин писал(а) 30 ноя 2018, 22:55:У меня же цель была не начать цитировать, а проюллюстрировать цитатой мысль - априорные суждения про "постоянство расположения" неуместны начиная с 40-х годов прошлого века. А дальнейшее уже к этому не относится, зачем же цитировать все подряд?


Ничего не понимая ни в самом "постоянстве расположения", ни в его значимости, вынужден задать вопрос:

Что из этого всего следует?
Максим Гераськин писал(а) 30 ноя 2018, 22:55:На самом деле наука работает таким образом.

1) Секвенируем ДНК. На этом этапе все вполне научно и максимально полезно, здесь можно выделить повторяющиеся паттерны, выявить "межвидовое совпадение по расположению", определить "внутривидовой полиморфизм" - т.е. все то, что якобы "предсказывается", на самом деле получается на первом этапе.
2) Второй этап не имеет практического смысла, но безвреден. На нем повышается "теоретическая нагрузка" - факты первого этапа рассматриваются через призму "все имеют общего предка" и делаются выводы про этапы эволюционного пути. Применяется мощная математика, остроумные конструкции, все, в целом, логично. Выводы, однако, бесполезны, так как делаются в "теоретический космос", по сути считаются пресловутые ангелы на кончике иглы. Некоторая польза, впрочем, есть, например, появляется терминология типа "ERV", возникает общий язык, который понимают все частники процесса - ну и то хлеб. Здесь наука кончается.
3) Появляются просветители и предсказывают то, что было на этапе (1). Понятно, что предсказывется удачно, так как результат заранее известен.

ERV были обнаружены у кур (иммунологическими методам исследования) в шестидесятых годах. Тогда секвенирования ДНК и в помине не было. И с тех пор все гипотезы в отношении ERV строились на базе эволюционных концепций и знаний в области популяционной генетики и вирусологии. Когда метод секвенирования ДНК (изобретённый Фредериком Сэнгером в 1977 году) усовершенствовался, автоматизировался и стал относительно доступным (примерно к концу 80-х, началу 90-х годов прошлого века), в разных исследованиях в геномах искали ERV целенаправленно по заранее намеченным планам, исходя из предварительных гипотез (распределение между видами, видоспецифичные ERV, внутривидовой полиморфизм ERV и т.п.). Эта работа была важна как для эволюционной биологии (проверка гипотезы эволюционной роли некоторых ERV и построение филогенетических деревьев), так и для медицины (исследование предполагаемых патогенных свойств некоторых ERV). Так что не выдумывайте, что "понятно, что предсказывается удачно, так как результат заранее известен".

Ну что, силы строить умозаключения, я так понимаю, закончились, теперь просто сбрасываем дампы ассоциаций? :)

Нет. Я вам просто указываю не некорректность трёх ваших предпосылок (общий предок у некоторого количества видов организмов (гипотетически у всех видов), изменчивость потомства, дифференциальное воспроизводство) в контексте вашего требования вывести из них всех следствие "распределение ERVs в геномах видов". Из вышеуказанных предпосылок логически выводится понятие "естественная биологическая эволюция", а сами предпосылки, по сути, входят в содержание данного понятия. То есть мы по восходящей можем проверять истинность эволюционной концепции путём формулирования в рамках каждой предпосылки дополнительных гипотез и осуществления экспериментальных исследований/наблюдений (проверяющих предпосылку): что и где мы будем наблюдать, если у современных видов был общий предок; где и как мы можем наблюдать изменчивость потомства, каковы механизмы изменчивости; где и как мы можем наблюдать естественный отбор (например, эксперимент Лурии и Дельбрюка и, дополнительно, эксперимент Джошуа и Эстер Ледерберг как раз касается двух последних тезисов, хотя потом у бактерий обнаружили и альтернативный способ приспосабливаться к вирусным атакам посредством системы CRISPR/Cas9).

У меня же цель была не начать цитировать, а проюллюстрировать цитатой мысль - априорные суждения про "постоянство расположения" неуместны начиная с 40-х годов прошлого века. А дальнейшее уже к этому не относится, зачем же цитировать все подряд?

Я говорил о "совпадении расположения" вставок ERV при выравнивании геномов в гомологичных локусах хромосом. Однако это именно вы сюда копипастите нечто, что к делу не относится, выдёргивая цитаты из контекста (видимо в соответствие вашему пониманию "постоянство расположения").

Объясняю ещё раз на метафорическом примере, что такое "совпадение расположения" из которого доказывается ортология (хотя подозреваю, что вы всё уже давно поняли).

Предположим, что у нас есть копии текста некоторого объёма, в которых наблюдается синтения в расположении текстовых блоков, предложений и т.п., хотя и имеются отличия, например, в форме замещения или выпадения букв (иногда даже целых фраз). Это метафора гомологичного локуса в геномах двух видов, например, человека и шимпанзе.

Мы выравниваем с высокой точностью в двух копиях в гомологичном локусе участок, где обнаружили вставку. На примере обычного текста, после выравнивания, это будет выглядеть так:
1. "у меня же ц- -ь бола не начать цитиро(--ВСТАВКА--)итировать, а проюллюстрировать цитатой мысль".
2. "а меня же цель была не начать цитиро(--ВСТАВКА--)итировать, а проюллюстрировать цитатой м-сль".

При выравнивании у нас выявились: однобуквенный полиморфизм в первой букве фразы и в слове "бола/была" (выделено жирным шрифтом), делеция двух букв в слове "цель" и делеция одной буквы в слове "мысль" (выделено дефисами) и, также, совпадающая мутация в слове "проюллюстрировать" (выделено жирным курсивом), совпадение которой мы определили по референсному слову "проиллюстрировать" (как оно встречается в других копиях ––> https://ru.wiktionary.org/wiki/проиллюстрировать). Также мы выявили вставку в слове "цитиро//вать" между буквами "о" и "в" по особенностям самой вставки и характерному для таких вставок дублированию 5 букв "итиро" в сайте-мишени (в тексте выделены курсивом).

При таких совпадениях в выровненных геномах двух видов мы можем утверждать с высокой вероятностью об ортологии вставки (появилась в геноме общего предка и передалась вертикально в двух эволюционных линиях). Могла ли вставка случайно попасть в одно и то же место в геномах разных видов (надеюсь, вы усвоили значение понятия "одно и то же место" в данном контексте)? В принципе не исключено, например, если у данной вставки есть некоторые предпочтения вставляться между буквами "о" и "в", однако это маловероятно, так как на трёхмиллиардный геном есть множество мест с сочетанием букв "о" и "в". Если же в геномах двух (или более) видов организмов совпадает множество подобных вставок (надеюсь, вы усвоили значение понятия "совпадает" в контексте гомологии локусов и выравнивания последовательностей ДНК), то такое совпадение практически невероятно, и объяснение здесь только одно – ортология :) .

Доходит до курьезов, один из которых я приводил выше. Ученые нашли, что палеонтологические и молекулярные данные противоречат друг другу и откалибровали молекулярку по палеонтологии. Просветители просвещают - молекулярные и палеонтологические данные строго соответствуют друг другу. Ну конечно - как они могут не соответствовать?

Естественно, что при увеличении эволюционного расстояния между видами выравнивание текстов ДНК их геномов (особенно нефункциональных на уровне последовательности нуклеотидов) становится всё более трудоёмкой задачей со всё менее чётким значением результата .

К тому же полногеномных сиквенсов для большинства видов пока не сделано, поэтому сравниваются ограниченные участки ДНК по которым есть информация (совокупность последовательностей каких-либо гомологичных генов, например). Отсюда уже идут молекулярные филогенетические конфликты не только с палеонтологическими данными, но и конфликтуют молекулярные филогенетические деревья друг с другом, в силу разной скорости эволюции тех или иных генов в разных эволюционных линиях и в силу особенностей самого метода статистического анализа (притяжение длинных ветвей). Всё это уточняется и постепенно совершенствуется со временем и становится всё более научно корректным.
Lex Usoff писал(а) 01 дек 2018, 04:30:ERV были обнаружены у кур (иммунологическими методам исследования) в шестидесятых годах. Тогда секвенирования ДНК и в помине не было.


Наша беседа имеет удивительную бессвязность. Какое отношение имеет "обнаружение ERV у кур" к прогнозу касательно "межвидовое совпадение по расположению" и "внутривидовой полиморфизм"?

Требуется заполнить пропуски:

1) Потомки - отличаются от предков
2) Из потомков - выживают наиболее приспособленные
3) Все потомки имеют общего предка
...
n) "Межвидовое распределение ERV в геномах" будет иметь следущие характеристики...
n+1) "Внутривидовой полиморфизм"" будет иметь следущие характеристики...

Если исходных положений мало - добавьте, никто ж не запрещает.

Пока я думаю, что если не высасывать из пальца и не подсматривать, нетривиально этого не сделать. Т.е. придется провести столько наблюдений и экспериментов, что результат станет очевидным и без привлечения положения "Все потомки имеют общего предка".

Впрочем, заветный прогноз можно легко получить, применив широко используемый эволюционными просветителями прием - если логика мешает, не будем ее использовать. Например:

Из (1) "потомки - отличаются от предков" логически следует неадаптивная эволюция


Это хороший образчик мышления - смотрим на текст, что-то такое показалось и вперед, понеслась, вольная фантазия, "следует", "доказано" и так далее.

На деле тут нет следования, а есть, как минимум, два положения:

- потомки отличаются от предков
- отличия неадаптивны

Обосновать второе трудно, но можно, например, тестом Лурии — Дельбрюка. Про это дело есть хорошая статья Константина Северинова, причем, он приводит опровергающий вариант и честно пишет: : Выбор кишечной палочки для опыта был случайный, если бы они взяли Streptococcus thermophilus не очень даже понятно, где бы мы сейчас были, потому что данные бы показывали явно не то, что авторы опыта хотели бы видеть, ведь они были внутренне готовы именно к дарвиновскому механизму

Вот это наука. Нет догм, острые углы не обходятся, тема раскрыта настолько, что можно повторить расчеты и эксперименты.

в разных исследованиях в геномах искали ERV целенаправленно по заранее намеченным планам, исходя из предварительных гипотез (распределение между видами, видоспецифичные ERV, внутривидовой полиморфизм ERV и т.п.)


Можете показать цитаты из научных работ, в которых бы делались предсказания касательно "межвидовое совпадение по расположению" и "внутривидовой полиморфизм"?
Максим Гераськин писал(а) 02 дек 2018, 15:09:
Lex Usoff писал(а) 01 дек 2018, 04:30:ERV были обнаружены у кур (иммунологическими методам исследования) в шестидесятых годах. Тогда секвенирования ДНК и в помине не было.


Наша беседа имеет удивительную бессвязность.

И мне, с позиции стороннего наблюдателя, очень понятно почему.

Lex отвечает на ваши вопросы с позиции сформированного на сегодняшний день консенсуса (коллективного знания) специалистов-биологов.
Вы, очевидно, имели этот консенсус в крупном виду и плевать хотели на коллективное знание каких то там специалистов-биологов.
А почему бы и нет? Как говорится, на каждого Лурия — Дельбрюка есть хорошая статья Константина Северинова. Или, по простому, у каждого Додика своя методика, а у каждого Абрама своя программа.

Имеете полное право не принимать никакой консенсус и не соглашаться ни с каким Lexом.
До тех пор пока ваша точка зрения ни на что не влияет, пока вашей точки зрения недостаточно для того, чтобы изменить школьные программы по биологии или внести коррективы в процессы изготовления лекарсвенных препаратов, другими словами, пока ваша точка зрения никого, по большому счёту, не интересует то вы имеете полное право на любую точку зрения.

Так что у вас своя точка зрения, у Lexa своя.
И поскольку эти точки зрения никак не пересекаются, то беседа ваша имеет удивительную бессвязность.
Это мне понятно.

Что мне не понятно, так это ваша конечная цель.
К чему эта беседа должна, по вашему, привести?
Какой должен быть конечный вывод?
Лёнчик писал(а) 02 дек 2018, 20:17:Lex отвечает на ваши вопросы с позиции сформированного на сегодняшний день консенсуса (коллективного знания) специалистов-биологов.


Наоборот. В частности, специалисты-биологи не пишут в научных работах прогнозы разбираемого типа. Это личное ненаучное творчество просветителей и прикмнувшим к ним Lex-а.

Кроме того, в плане логики выработанный наукой массив знаний просветителями демонстративно попирается.

Так что нет никаких ответов с позиции "консенсуса", Lex представляет достаточно маргинальную позицию узкого круга лиц.
Лёнчик писал(а) 02 дек 2018, 20:17:Что мне не понятно, так это ваша конечная цель.


Вообще я за науку. Как бы борец с мракобесием :)
Мне вот вспомнилась публикация как раз актуальная для этой темы ( нашёл на палеонтологическом форуме ):

https://www.cambridge.org/core/journals ... 3831626F26
Scientists observe nature, search for generalizations, and provide explanations for why the world is as it is. Generalizations are of two kinds. The first are descriptive and inductive, such as Boyle's Law. They are derived from observations and therefore refer to observables (in this case, pressure and volume). The second are often imaginative and form the axioms of a deductive theory, such as Newton's Laws of Motion. They often refer to unobservables (e.g. inertia and gravitation). Biology has many inductive generalizations (e.g. Bergmann's Rule and ‘all cells arise from preexisting cells’) but few, if any, recognized universal laws and virtually no deductive theory. Many biologists and philosophers of biology have agreed that predictive theory is inappropriate in biology, which is said to be more complex than physics, and that one can have nonpredictive explanations, such as the neo-Darwinian Theory of Evolution by Natural Selection. Other philosophers dismiss nonpredictive, explanatory theories, including evolutionary ‘theory’, as metaphysics. Most biologists do not think of themselves as philosophers or give much thought to the philosophical basis of their research. Nevertheless, their philosophy shows in the way they do research. The plethora of ad hoc (i.e. not universal) hypotheses indicates that biologists are reluctant inductivists in that the search for generalization does not have a high priority. Biologists test their hypotheses by verification. Theoretical physicists, in contrast, are deductive unifiers and test their explanatory hypotheses by falsification.

I argue that theoretical biology (concerned with unobservables, such as fitness and natural selection) is not scientific because it lacks universal laws and predictive theory. In order to make this argument, I review the differences between verificationism and falsificationism, induction and deduction, and descriptive and explanatory laws. I show how these differ with a specific example of a successful and still useful (even if now superseded as explanatory) deductive theory, Newton's Theory of Motion. I also review some of the philosophical views expressed on these topics because philosophers seem to be even more divided than biologists, which is not at all helpful.

The fact that biology does not have predictive theories does not constitute irrefutable evidence that it cannot have them. The only way to falsify this philosophical hypothesis, however, is to produce a predictive theory with universal biological laws. I have proposed such a theory, but it has been presented piecemeal. At the end of this paper, I bring the pieces together into a deductive theory on the evolution of life history traits (e.g. clutch size, mating relationships, sexual size dimorphism).

--абстракт занятный. А когда искал её в открытом доступе, то наткнулся ещё на пару с похожим содержанием. Неужели в среде биологов начали появляться учёные-"мутанты" ? :)
Максим Гераськин писал(а) 02 дек 2018, 21:01:
Лёнчик писал(а) 02 дек 2018, 20:17:Lex отвечает на ваши вопросы с позиции сформированного на сегодняшний день консенсуса (коллективного знания) специалистов-биологов.


Наоборот. В частности, специалисты-биологи не пишут в научных работах прогнозы разбираемого типа. Это личное ненаучное творчество просветителей и прикмнувшим к ним Lex-а.

Кроме того, в плане логики выработанный наукой массив знаний просветителями демонстративно попирается.

Так что нет никаких ответов с позиции "консенсуса", Lex представляет достаточно маргинальную позицию узкого круга лиц.


Вполне возможно. Судить не берусь. Не специалист.
И потом, это всё детали, не всем и не всегда понятные.
Меня больше интересует то, в чём разночтений особо быть не может.

Вот, на пример -

С вашей точки зрения, можно ли объяснить многообразие жизни нз Земле естесвенным отбором случайных мутаций?
Если нет, то чем можно?
Лёнчик писал(а) 02 дек 2018, 21:24:С вашей точки зрения, можно ли объяснить многообразие жизни нз Земле естесвенным отбором случайных мутаций?


Вообще есть консенсус, что отбор уменьшает разнообразие, и я с этим консенсусом согласен. Но у популяризаторов может быть иная точка зрения, конечно.

По поводу причин разнообразия тоже есть консенсус:
Факторы, от которых зависит фенотипическое разнообразие, генетическая программа (генотип), условия среды и частота случайных изменений (мутации), обобщены в следующей зависимости:

генотип + внешняя среда + случайные изменения → фенотип
Максим Гераськин писал(а) 02 дек 2018, 21:38:
Лёнчик писал(а) 02 дек 2018, 21:24:С вашей точки зрения, можно ли объяснить многообразие жизни нз Земле естесвенным отбором случайных мутаций?

Вообще есть консенсус, что отбор уменьшает разнообразие, и я с этим консенсусом согласен. Но у популяризаторов может быть иная точка зрения, конечно.
[/quote]

Ну это как бы масло маслянное.
Естесвенно, что отбор уменьшает разнообразие. По определению. На то он и отбор.

Вопрос был о объективно наблюдаемом, а не о гипотетическом разнообразии.
Конкретное, объективно наблюдаемое разноонразие жизни должно иметь объяснение.
Является ли механизм естесвенного отбора случайных мутаций лучшим, наиболее полным, имеющимся на сегодняшний день обяснением объективно наблюдаемому разноонразию жизни.
Простой вопрос. Да или нет?
Пред. 1 ... 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 ... 17 След.
Сообщений: 325 Страница 9 из 17

Кто сейчас на форуме

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 10

cron