Сообщений: 11 Страница 1 из 1
Biological Networks: The Tinkerer as an Engineer by U. Alon
Science, 301:1866-1867 (2003). Abstract и Pdf

В данной заметке отмечается неожиданное сходство технических решений природы и разумного конструктора, объединенных едиными "инженерными принципами". Содержательно это pro-ID статья, прошедшая публикацию засчет вставок про random tinkering.
Приветствую, Москвич.
А не могли бы Вы рассказать нам, как эволюционировал/сальтационировал Ваш взгляд на происхождение жизни за прошедшие годы после разрушения Избы-дебатни?
Спонтанная интеллектуализация природы?

Спасибо за ссылку, прочитал. Не понятно одно. Я могу представить себя СМ+ЕО в образе Лудильщика, который "разумно замышляет" сети катаболизма - т.е., распада биомолекул. Эти сети характеризуются достаточной предсказуемостью и простотой "инжиниринга": имеем набор всевозможных ферментов деградации (гидролазы, деаминазы, деметилазы, де-...азы итд.), и пытаемся откусывать от данной биомолекулы функциональные группы, пока не откусим все, что можем, или пока не получим продукт, на который уже есть настроенная "нейронная сеть".
Поэтому, наверное, у нас достаточно много примеров удачного применения СМ+ЕО в отношении "новых" путей расщепления нейлона, нефти итп. - здесь не нужно придумывать новое колесо - бери старое, которые подходит на 5%, и оптимизируй ее методом лудильщика до 95%...

Но вот в вопросах анаболизма, синтеза новых биомолекул, структур - здесь как раз Бихи и Дембски начинают "рулить". Если идти "с другого конца", но нам нужен какой-нибудь "циклопентанопергидрофенантрен", который может пригодиться в новой биосистеме. Как его синтезировать? Здесь, имхо, лудильщик в общем случае не помощник. Для дизайнера, в принципе, задача стоит в кратчайшем пути от имеющихся метаболических сетей, с наименьшими энергетическими и энтропийными затратами. И здесь "унюхать" недостающую цепочку из двух-трех-итп. реакций практически невозможно.

Т.е., новая анаболическая подсистема - это как раз именно _система_, которая не функционирует с n-1 подмножеством. Лудильщих даже может случайно набрести на 1-й компонент новой подсистемы, но 1, 2,.. n-1 элементов - не функциональны.

Здесь можно, конечно, потеоретизировать, что хорошая метаболическая сеть уже покрыла, как сеть мобильной связи, все нужные и ключевые n-1 пункты связи, и что остается только позвать лудильщика, который до-"тыкается" в нужный n-ый элемент, но это как раз та самая экстраполяция от мячика, скатывающегося в лунку к мячику, катящемуся в гору...
Приветствую, Константин!
Этот Uri Alon товарищ интересный, но он в основном занимается построением теории биологических circuits, ищет базовые принципы. За происхождение он как бы не отвечает, хотя есть у них попытки эволюционного моделирования.
Что касается абиогенеза, я не думаю, что моя позиция сильно качнулась в какую-то сторону. Я остаюсь в позиции наблюдателя, и не знаю, как подступиться к этому вопросу. Мое мнение состоит в том, что совр. научная картина, вероятно, упускает какой-то существенный уровень или принцип, и все эти сложности с психофизической проблемой и "невозможность" абиогенеза имеют (могут иметь) единый источник. Условно говоря, то, что для нас предстает как интенциональность и психическое.
Насчет сетей.. я когда изучал мессенджерные системы, поражался, как просто делаются сложные ответы. Например, всего лишь два типа рецептора к одному БАВ могут обеспечить:
1. порог концентрации
2. S-образный ответ
3. привыкание
good-engineering?
sort of..

Еще раз перечитал "вьюпойнт" Алона.. Все-таки, мне кажется, у системных исследователей биосистем не всегда отделяются биообъекты от процессов эволюции/дизайна.
То есть: биообъекты обладают системностью, сложностью, модулярностью, устойчивостью, "сетевидностью", они могут использовать генетические алгоритмы (как в случае иммунной системы).
Но это одно, а СМ+ЕО (или какие-то сальтации генома), приводящие к образованию таких систем - совсем другое.
Конечно. Но я уже отмечал, он занимается в основном выявлением свойств биосистем, а не их происхождением. Второе его тоже интересует, но акцент все-таки делается на первом. Что биосистемы эволюционируют СМ+ЕО, это принимается в кач-ве аксиомы, потому что "а как же иначе?" - он ни в коем случае не IDer.
Выводы pro-ID у него получаются по факту: в биосистемах он обнаруживает тот самый good-engineering. Но он на этом останавливается, что понятно.
вообще-то СМ+ЕО легко "кооптирует" в себя как одноранговые сети, так и модулярные иерархии... Первые - чистый пример "лудильщика" - вторые - пример "экономии средств", когда вместо создания с нуля путем точечных мутаций тасуются белковые домены, дуплятся-дивегируются гены и целые генные комплексы...
Вы, Константин, неодарвинист. У вас СМ+ЕО легко обеспечивает те же характеристики систем, что и направленное конструирование. Но мне кажется, эту гипотезу нужно доказывать.
Ну, не совсем :). По правде говоря, я что-то и не могу представить "нейронную сеть", кроме как собственно, ЦНС...
Метаболические сети - действительно иерархические, довольно жесткие, "канализируемые" (при этом они за счет дубляжа, "футильных циклов" (А->B, B->A) обеспечивают значительную пластичность и запас прочности..

Поэтому я с радостью откажу СМ+ЕО в дизайнерской потенции :)
Думаю, что можно продолжить эту тему небольшим обзором, который появился на сайте Института креационных исследований. Джефри Томкинс пишет о двух недавних публикациях, посвященных расшифровке генома ресничных инфузорий (ciliata) вида Oxytricha trifallax:
Chen, X. et al. 2014. The Architecture of a Scrambled Genome Reveals Massive Levels of Genomic Rearrangement during Development. Cell. 158 (5): 1187–1198.
Swart, E. S. et al. 2014. The Oxytricha trifallax Macronuclear Genome: A Complex Eukaryotic Genome with 16,000 Tiny Chromosomes. PLoS Biology. 11 (1): e1001473.

Томкинс отмечает, что для одноклеточного существа, геном этой инфузории не только организован весьма неординарно (один, используемый для повседневной деятельности, хранится в макроядре,в то время как другой, который играет главную роль во время процесса размножения, находится в плотно упакованном микроядре) но еще и формируется крайне оригинальным способом.
Дело в том, что ДНК в микроядре инфузории фактически представляет собой архив, сжатый с использованием словаря: более 225 тысяч "отрывков" окружены специальными последовательностями, кодирующими их "адрес" в хромосомах макроядра. Более того, многие участки, включая и отвечающие за кодирование белков, фрагментированы и собираются из нескольких "кусочков", что делает весь процесс сборки хромосом крайне неусточивым к ошибкам.

Итого, если я правильно понял изложенное в статье Томкинса, мы имеем одноклеточный организм, у которого геном не просто физически упакован в ядро (даже два ядра в этом случае!) но еще и логически упакован с помощью неординарного алгоритма в одном из ядер, что требует соотвествующих механизмов распаковки и контроля, так же закодированных в этом же самом архиве!
Словосочетание "биологическая эволюция", на мой взгляд, здесь ну просто ни с какого бока не "пришивается" :good:
Сообщений: 11 Страница 1 из 1

Кто сейчас на форуме

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 3