Сообщений: 11 Страница 1 из 1
Такой вопрос: а существуют ли математические модели ТЭ? И насколько они адекватны? (Генетические алгоритмы не предлагать :-) )

Вот пара ссылок на что-то похожее http://www.beanblossom.in.us/larryy/PolyWorld.html, http://www.swimbots.com/. Есть тут какое-нибудь рациональное зерно?
Здравствуйте, Лужехмур. Добро пожаловать на Форум. Странное имя - Вы случайно не из породы кваклей? :)
Нужно уточнить, какие именно мат. модели Вы имеете в виду. В смысле, их глобальность. Например, есть модели изменения частот аллелей в популяциях: имитационное моделирование, в популяции из 10 000 особей есть 70 аллелей одного гена, что будет, если численность популяции уменьшится до тысячи особей, или наоборот, увеличится до миллиона?
Такие частные модели вполне усешно моделируются и решаются.
Но это частные вопросы микроэволюции - изменения частот аллелей в популяции.
Нас же, насколько я понимаю, интересуют модели эволюции в строгом смысле слова, т.е., появление новых, более сложных форм жизни.
Здесь, смею утверждать, нет никакого просвета. Проблема ясна: у нас нет моделей "генотип - фенотип", т.е., мы не можем взять произвольный генетический текст, и сказать, что из него образуется в рез. онтогенеза. Соответственно, мы не можем запускать модели аналогичные вышеописанной: случайные изменения блуждат по геномам особей популяции, и мы можем вычислать приспособленности их фенотипов итп.

Все, что есть, это частные оценки, например, частота таких-то видов мутаций - точечных, инсерций, делеций, неравных кроссинговеров, дупликации генов, хромосомных транслокаций итп. И то, далеко не везде мы имеем оценки частоты мутации, основанных на прямых расчетах. Обычно идут в обратном направлении - от презумпций о времени дивергенции, напр., между шимпанзе и человеком (6 млн.лет) - и на это время делятся наблюдаемые различия.
Но полученные числа не являются универсальными константами.

Все остальное - это компьютерные игрушки, с произвольными начальными условиями, которые можно подогнат под удобопринимаемые результаты...
р.Б.Константин писал(а):Здравствуйте, Лужехмур. Добро пожаловать на Форум. Странное имя - Вы случайно не из породы кваклей? :)

Явно новоначальный в Интернете. Многие начинают с чего-то такого.
р.Б.Константин писал(а):Здравствуйте, Лужехмур. Добро пожаловать на Форум. Странное имя - Вы случайно не из породы кваклей?
Рад знакомству, р.Б.Константин. Да, Вы не ошиблись. Я - квакль-бродякль. :)

р.Б.Константин писал(а):Проблема ясна: у нас нет моделей "генотип - фенотип", т.е., мы не можем взять произвольный генетический текст, и сказать, что из него образуется в рез. онтогенеза.
А насколько это существенно? Разве нельзя представить организм последовательностью его генов? Это же модель: от чего-то приходится абстрагироваться... Или не выйдет?

р.Б.Константин писал(а):Соответственно, мы не можем запускать модели аналогичные вышеописанной: случайные изменения блуждат по геномам особей популяции, и мы можем вычислать приспособленности их фенотипов итп.
Вероятно, опечатка. Можем или не можем вычислить?... И потом - зачем вычислять? Можно сымитировать. Скажем, запустить генератор случайных чисел и посмотреть: что получится?

Лунный А.Н. писал(а):Явно новоначальный в Интернете. Многие начинают с чего-то такого.
Обижаете, Алексей Николаевич! В тырнете я ну никак не новоначальный. 8-|_
А Лунный, между прочим, тоже псевдоним. Или Вы конкретно против кваклей что-то имеете? ;-)
Лужехмур писал(а):
р.Б.Константин писал(а):Проблема ясна: у нас нет моделей "генотип - фенотип", т.е., мы не можем взять произвольный генетический текст, и сказать, что из него образуется в рез. онтогенеза.
А насколько это существенно? Разве нельзя представить организм последовательностью его генов? Это же модель: от чего-то приходится абстрагироваться... Или не выйдет?
--Ну вот я Вам скажу, что была ДНК-последовательность
ААТААЦГААТАЦАГЦТТТЦАЦАТГЦАТЦАЦАТГЦАЦГАЦААТТГЦАЦ

--а стала
ААТААЦГААТАЦАГЦАТТЦАЦАТГЦАТЦАЦАТГЦАЦГАЦААТТГЦАЦ

--Это мутация нетрайльная, летальная или полезная? Без "контекста" - не узнаем. А контекст - это не просто первичная последовательность белка, это ведь целый организм, у которого данный мутантный белок (или небелковая последовательность) как-то проявляется.
И генераторы случайных чисел тут не помогут.

А в ТЭ частная и частная проблема - показать, откуда взялась последовательность типа вышеописанной.
Вроде бы - ниоткуда. И начинают гадать - левая часть на 30% похожа на последовательность от морского огурца, правая часть - у долгоносиков есть что-то подобное.
Но вопрос именно в том - что было в начале, и как эта начальная последовательность могла изменяться, оставаясь при этом полезной или по кр. мере не летальной...
р.Б.Константин писал(а):А контекст - это не просто первичная последовательность белка, это ведь целый организм, у которого данный мутантный белок (или небелковая последовательность) как-то проявляется.
Интересно... Cпасибо большое! Есть над чем подумать.


Тут, правда, вот ещё что: в прошлом году на Рождественских чтениях в секции "Шестоднев" был доклад по численному моделированию эволюции в программе Mendel's Accountant. Это, получается, тоже компьютерная игрушка?
Я этой программой не занимался, но поглядите, что пишется в аннотации:
MENDEL's input variables include such things as mutation rate, distribution specifications for mutation effects, extent of dominance, mating characteristics, selection method, average fertility, heritability, non-scaling noise, linkage block properties, chromosome number, genome size, population size, population sub-structure, and number of generations.

--Среди перечисленных "переменных на входе" бОльшая половина - параметры, которые нужно "сбегать поглядеть" или которых мы не знаем. В любом случае модель эта - в рамках микроэволюции, о которой я говорил в начале.
А если статистику притянуть? Статистика по частоте мутаций, вроде бы, есть. Количество "полезных" мутаций тоже, наверное, как-то оценивается?

Скажем, взять два генома, к примеру, хомячка и лошади, посчитать число несовпадений и найти среднее время превращения одного генома в другой.
Допустим, хомячок и лошадь различаются по гомологичным генам на 10%, по составу генов - на 10%. Что дальше?
Сравнивая две последовательности современных лошадей и хомячков, мы не знаем, что было вначале, не знаем траекторию расхождения (при условии, что мы верим, что был прото-коне-хомяк)
Часть мутаций нейтральные, часть - полезные, какая из них какая - мы не знаем.
Но самая большая проблема - уникальные гены. Откуда они взялись. Обычно у эволюционистов ответы:
а) массовый сброс генов у предка (предок имел 2000 коне-хомячковых генов, потом остались от протоконехомячка 1000 генов у лошади, 1000 у хомячка)
б) параллельный перенос вирусами (уникальные гены "занесло" от кого-то еще, кого - не знаем)
Например, у круглых червей и насекомых от 30 до 50% генов - уникальны для своего класса.
А образцы генов прото-коне-хомяка (ну или там прото-обезьяно-человека) у биологов есть?
Лужехмур писал(а):А образцы генов прото-коне-хомяка (ну или там прото-обезьяно-человека) у биологов есть?

Откуда? В лучшем случае - 50 000 лет назад у неандертальцев, митохондриальная ДНК, обрывки ядерной ДНК
Сообщений: 11 Страница 1 из 1

Кто сейчас на форуме

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 2