Опровергнута самая популярная теория эволюции

Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение vilisvir » 30 май 2018, 15:51

Учёные из Рокфеллеровского университета вместе со швейцарскими исследователями пришли к выводу, что генетический возраст всех существ, живущих на планете, почти одинаков. Таким образом, их открытие противоречит нашему представлению об эволюции. Своё исследование они разместили на Phys.org.

Учёные анализировали ДНК-штрихкодов. Этот самый штрих-код является методом идентификации организма и его принадлежности к определенному виду. В качестве штрихкодов используются участки митохондриальной ДНК.
После исследования более пяти миллионов последовательностей, оказалось, что штрихкод одного человека повторяет последовательности другого не более чем на 0,1 процента. Примерно такая же разница и у других видов.
Такая особенность характерна для организмов, которые окончательно сформировались в одно и то же время. Из этого следует, что генетическое разнообразие зависит не от размера популяции, а только от возраста.

Одной из причин такой последовательности штрихкодов может являться катастрофическое событие, которое снизило генетическое разнообразие сразу всех видов. Однако учёные больше склоняются к теории, что каждая популяция является сравнительно молодой. Вид может существовать определённый отрезок времени, а после он заменится новым видом, или исчезнет вовсе.

Оригинал новости: https://phys.org/news/2018-05-gene-surv ... ution.html
Источник: https://fishki.net/2610612-oprovergnuta ... jucii.html © Fishki.net
Подписывайтесь на ютуб-канал христианской науки https://www.youtube.com/channel/UChB3deQJaLeeno9vwx0JSRg
Аватар пользователя
vilisvir
Форумчанин
 
Сообщений: 34
Зарегистрирован: 04 мар 2016, 18:01
Откуда: Киев
Кредо: 1-й Креационистский Киевский Астроклуб

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Александр Григорьев » 03 июн 2018, 05:36

vilisvir писал(а) 30 май 2018, 15:51:Учёные из Рокфеллеровского университета вместе со швейцарскими исследователями пришли к выводу, что генетический возраст всех существ, живущих на планете, почти одинаков. Таким образом, их открытие противоречит нашему представлению об эволюции. Своё исследование они разместили на Phys.org.

Учёные анализировали ДНК-штрихкодов. Этот самый штрих-код является методом идентификации организма и его принадлежности к определенному виду. В качестве штрихкодов используются участки митохондриальной ДНК.
После исследования более пяти миллионов последовательностей, оказалось, что штрихкод одного человека повторяет последовательности другого не более чем на 0,1 процента. Примерно такая же разница и у других видов.
Такая особенность характерна для организмов, которые окончательно сформировались в одно и то же время. Из этого следует, что генетическое разнообразие зависит не от размера популяции, а только от возраста.

Одной из причин такой последовательности штрихкодов может являться катастрофическое событие, которое снизило генетическое разнообразие сразу всех видов. Однако учёные больше склоняются к теории, что каждая популяция является сравнительно молодой. Вид может существовать определённый отрезок времени, а после он заменится новым видом, или исчезнет вовсе.

Оригинал новости: https://phys.org/news/2018-05-gene-surv ... ution.html
Источник: https://fishki.net/2610612-oprovergnuta ... jucii.html © Fishki.net


Ага. Традиция соблюдается. Очередное опровержение. Есть что постоянное в нашем нестабильном мире. Это радует.
Александр Григорьев
Форумчанин
 
Сообщений: 116
Зарегистрирован: 15 дек 2017, 09:02

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 03 июн 2018, 22:46

vilisvir писал(а) 30 май 2018, 15:51:Оригинал новости: https://phys.org/news/2018-05-gene-surv ... ution.html
Источник: https://fishki.net/2610612-oprovergnuta ... jucii.html © Fishki.net

Спасибо за ссылки.
Добавлю ещё ссылку на публикацию на biorxiv: Mark Y. Stoeckle, David S. Thaler // Why Should Mitochondria Define Species?
Судя по резюме, кажется, это действительно важная для креа/эвоспоров работа. Может быть, кому-то понимающему (Констанину Виоловану?) стоит рассказать о ней о. Константину к предстоящим дебатам.

То, что разнообразие "ДНК-баркодов" подавляющего большинства видов примерно одинаково, и при этом, при различиях в их популяционной истории этого ожидать нельзя, это сильное свидетельство в пользу Библейской картины этой самой популяционной истории.

Понятно, что можно сказать "виды не те", или "баркоды не те". Есть направления в которых можно искать контраргументы, но такое огромное число видов вряд ли может исключать такие, которые по тем же палеонтологическим реконструкциям не испытывали массовых вымираний (да ещё и одновременных!). Достаточно указать на пару-тройку широкораспространённых видов с большим и стабильным размером популяции на протяжении, скажем в миллион модельных лет и всё, вряд ли тут кто сможет сказать, что нет противоречия палеонтологии с генетикой. А если опровергнуть нейтральность баркодов, то все мтДНКовые генеалогии зашатаются, тоже как-то не очень. :-)
В общем, в полемике можно хорошо двинуть этим аргументом, как мне кажется.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 602
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 03 июн 2018, 23:17

Александр Григорьев писал(а) 03 июн 2018, 05:36:Ага. Традиция соблюдается. Очередное опровержение. Есть что постоянное в нашем нестабильном мире. Это радует.

Радоваться можно и веселее.

А по теме скажете что-нибудь?
APDinspecies.png
APDinspecies.png (14.1 KiB) Просмотров: 1097

На картинке среднее генетическое расстояние между двумя представителями вида. Можно обратить внимание на R2.
Пунктирной линией обозначено ожидаемое расстояние для нейтральной модели со стабильной численностью.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 602
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Imperor » 04 июн 2018, 12:35

Юрий из Петербурга писал(а) 03 июн 2018, 22:46:Судя по резюме, кажется, это действительно важная для креа/эвоспоров работа.
Да, работа, действительно, крайне интересная.

Может быть, кому-то понимающему (Констанину Виоловану?) стоит рассказать о ней о. Константину к предстоящим дебатам.
К каким дебатам? Опять какие-то дебаты планируются? И опять концепцию РЗ будут защищать НЕспециалисты? :(
То есть, это уже, видимо, традиция такая - каждый раз на одни и те же грабли наступать?

То, что разнообразие "ДНК-баркодов" подавляющего большинства видов примерно одинаково, и при этом, при различиях в их популяционной истории этого ожидать нельзя, это сильное свидетельство в пользу Библейской картины этой самой популяционной истории.
Да, именно так. Самое главное, что внутривидовые расстояния - оказались гораздо меньше межвидовых. Вот это действительно, сильное открытие.

Понятно, что можно сказать "виды не те", или "баркоды не те".
Нельзя. Слишком много видов попало в анализ.

Есть направления в которых можно искать контраргументы, но такое огромное число видов вряд ли может исключать такие, которые по тем же палеонтологическим реконструкциям не испытывали массовых вымираний (да ещё и одновременных!). Достаточно указать на пару-тройку широкораспространённых видов с большим и стабильным размером популяции на протяжении, скажем в миллион модельных лет и всё, вряд ли тут кто сможет сказать, что нет противоречия палеонтологии с генетикой.
Достаточно указать на каких-нибудь тропических плодовых мушек, у которых смена поколений 20-30 раз в год. Отсюда следует, что либо виды у плодовых мушек существуют всего (примерно) 500 лет, либо признать, что полученные генетические результаты не стыкуются с эволюционной концепцией происхождения видов.

А если опровергнуть нейтральность баркодов, то все мтДНКовые генеалогии зашатаются, тоже как-то не очень. :-)
Да, именно так.
В общем, в полемике можно хорошо двинуть этим аргументом, как мне кажется.
Двинуть то можно. Это действительно сильное исследование. Но кто будет "двигать"? Если неспециалист, то никуда и ничего он не "двинет". В лучшем случае, опять получится не пойми-что. В худшем - опозорится.
Imperor
Форумчанин
 
Сообщений: 90
Зарегистрирован: 19 июн 2009, 12:30

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение KKND_4936 (Артём) » 04 июн 2018, 12:43

Imperor писал(а) 04 июн 2018, 12:35:К каким дебатам? Опять какие-то дебаты планируются?

В теме «Эксперты снова отвечают, но... ни за что не отвечают :-)» как раз об этом речь шла недавно. Вот:

viewtopic.php?f=8&t=408&p=9329#p9319

Imperor писал(а) 04 июн 2018, 12:35:И опять концепцию РЗ будут защищать НЕспециалисты? :(

Похоже, что так. -_-
KKND_4936 (Артём)
Форумчанин
 
Сообщений: 966
Зарегистрирован: 28 июл 2015, 00:01
Откуда: Чернигов ( Украина )
Кредо: Intelligent Design

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Imperor » 04 июн 2018, 13:21

KKND_4936 (Артём) писал(а) 04 июн 2018, 12:43:
Imperor писал(а) 04 июн 2018, 12:35:К каким дебатам? Опять какие-то дебаты планируются?

В теме «Эксперты снова отвечают, но... ни за что не отвечают :-)» как раз об этом речь шла недавно. Вот:

viewtopic.php?f=8&t=408&p=9329#p9319

Imperor писал(а) 04 июн 2018, 12:35:И опять концепцию РЗ будут защищать НЕспециалисты? :(

Похоже, что так. -_-
Мда...
Imperor
Форумчанин
 
Сообщений: 90
Зарегистрирован: 19 июн 2009, 12:30

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 04 июн 2018, 23:51

Imperor писал(а) 04 июн 2018, 12:35:Самое главное, что внутривидовые расстояния - оказались гораздо меньше межвидовых. Вот это действительно, сильное открытие.

Да, там на соответствующем графике это наглядно изображено.
Imperor писал(а) 04 июн 2018, 12:35:Достаточно указать на каких-нибудь тропических плодовых мушек, у которых смена поколений 20-30 раз в год. Отсюда следует, что либо виды у плодовых мушек существуют всего (примерно) 500 лет, либо признать, что полученные генетические результаты не стыкуются с эволюционной концепцией происхождения видов.

Именно 500? Они действительно так быстро накапливают мутации?
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 602
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Imperor » 05 июн 2018, 06:23

Юрий из Петербурга писал(а) 04 июн 2018, 23:51:Именно 500? Они действительно так быстро накапливают мутации?
согласно эволюционным постулатам, они должны накапливать мутации примерно так же быстро, как люди. Дальше просто считаем:

У людей - поколение 20 лет. У плодовых мушек в тропиках - 20-30 в год. Следовательно, то количество митохондриальных мутаций, которое у людей накопилось за 200 тысяч лет, у мушек должно накапливаться примерно за 500 лет.

Дальше вооружаемся теми аргументами, которыми вооружились авторы данного исследования (чтобы объяснить своё исследование в рамках ТЭ):

1) Авторы предлагают считать, что почти все биологические виды проходят через "своё" бутылочное горлышко. Т.е. они предлагают считать ту картину, которую демонстрируют люди - не каким-то исключением из правил, и даже не частью случаев. Они предлагают считать, что подавляющее число видов - образуются именно таким способом. То есть, говоря другими словами - виды всё время молодые. Старых видов быть не может, потому что все виды проходят через бутылочные горлышки и "отбор линий".

2) При этом (одновременно) авторы хвастаются, что обнаруженные ими отличия - очень хорошо СОВПАДАЮТ с теми границами видов, которые определили СИСТЕМАТИКИ, специалисты по данным таксонам. НО систематики, в первую очередь, используют такие критерии вида, как морфологический и экологический. То есть, чтобы систематики дружно согласились, что данный вид - это уже другой вид (а не какой-нибудь предыдущий), эти виды должны хорошо различаться морфологически и/или экологически.

Из этих двух пунктов следует вывод - плодовые мушки должны порождать новые виды каждые 500-1000 лет. Причем такие виды, которые систематики будут хорошо видеть (именно в качестве отдельных видов, см. пункт 2). ИНАЧЕ (после 500-1000 лет) конкретный вид плодовой мушки станет уже набирать возраст БОЛЬШИЙ, чем "молодость". То есть, станет демонстрировать БОЛЬШЕЕ различие между двумя особями, чем это было установлено для ПОДАВЛЯЮЩЕГО большинства видов.

Таким образом, мы имеем противоречие между открытым фактом, и представлением о видообразовании в рамках СТЭ:
- Или практически все виды с быстрой сменой поколений - живут не более 1000 лет, или современная ТЭ критически ошибается в чем-то. То есть, представления современной теории эволюции о механизмах видообразовании и/или "молекулярных часах" - критически неверны.

P.s. Я тут уже почти неделю всячески прокручиваю у себя в голове результаты этой статьи. Но каких-либо других выводов, чем те, которые я озвучил выше, у меня сделать не получается. Не помог даже обмен мнений с Константином, который (взяв на себя роль "адвоката дьявола") выступил в качестве защитника эволюционной версии (попытался уложить открытый факт в рамки СТЭ). Даже это не помогло. Мне по-прежнему видится критическое противоречие между биологической реальностью с одной стороны:
1) Наблюдаемыми границами между реальными биологическими видами, скоростями размножения, численностью и распространенностью многих реальных видов.
2) Обнаруженным фактом "вечной молодости" биологических видов...
И представлениями современной теории эволюции (о видообразовании и/или сути "молекулярных часов") - с другой стороны.
Imperor
Форумчанин
 
Сообщений: 90
Зарегистрирован: 19 июн 2009, 12:30

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 05 июн 2018, 13:38

Imperor писал(а) 05 июн 2018, 06:23:У людей - поколение 20 лет. У плодовых мушек в тропиках - 20-30 в год. Следовательно, то количество митохондриальных мутаций, которое у людей накопилось за 200 тысяч лет, у мушек должно накапливаться примерно за 500 лет.

Тут всё не так просто. Мутации происходят не только во время репликации, но и во время репарации повреждений, которые идут постоянно. Т.е. важно не только количество актов репликации, которое прошла молекула ДНК, но и само время, которое она существует, и, вероятно, скорость метаболизма и видовые особенности систем репликации и репарации, особенности генерации половых клеток. Т.е., скорость мутаций надо измерять экспериментально, нельзя просто пересчитывать из одного вида в другой исходя из различия времени смены поколений. Наверняка такие работы есть, надо поискать.

Вот, например, такая работа нашлась: http://www.pnas.org/content/pnas/90/9/4087.full.pdf
Там, правда, время брали палеонтологическое, не стоит принимать результаты слишком серьёзно.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 602
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Imperor » 05 июн 2018, 18:02

Юрий из Петербурга писал(а) 05 июн 2018, 13:38:
Imperor писал(а) 05 июн 2018, 06:23:У людей - поколение 20 лет. У плодовых мушек в тропиках - 20-30 в год. Следовательно, то количество митохондриальных мутаций, которое у людей накопилось за 200 тысяч лет, у мушек должно накапливаться примерно за 500 лет.

Тут всё не так просто. Мутации происходят не только во время репликации, но и во время репарации повреждений, которые идут постоянно. Т.е. важно не только количество актов репликации, которое прошла молекула ДНК, но и само время, которое она существует, и, вероятно, скорость метаболизма и видовые особенности систем репликации и репарации, особенности генерации половых клеток. Т.е., скорость мутаций надо измерять экспериментально, нельзя просто пересчитывать из одного вида в другой исходя из различия времени смены поколений. Наверняка такие работы есть, надо поискать.

Вот, например, такая работа нашлась: http://www.pnas.org/content/pnas/90/9/4087.full.pdf
Там, правда, время брали палеонтологическое, не стоит принимать результаты слишком серьёзно.
Да, я про это напрочь забыл. Причем мне уже кто-то об этом говорил. Возможно, Вы и говорили :)
А я забыл.

Ну давайте тогда возьмем не дрозофил, а более изученные виды. Например, мышей. У которых 3-5 поколений в год.
В работе, которую Вы привели, в таблице 2 приведен пример с расхождением линий домашней и алжирской мышей. Время расхождения показано, как 1-3 млн. лет. Скорость накопления замен - показано в 2-5 раз выше, чем в линии человек-шимпанзе.
Таким образом, если мы вооружимся тем обобщением, которым нас вооружила статья 2018 года, тогда получается, что и алжирская и домовая мышь (уже имевшиеся в природе) должны были быть практически все перебиты (до одной-двух самок) примерно 50-10 тысяч лет назад (я просто перевел данные по человеку на этих мышей).
Если примерно 50-10 тысяч лет назад в природе имелся кто-то, кто был готов совершить столь масштабный мышиный геноцид, то каким образом ему удалось это сделать? Каким образом он умудрился перебить всех этих мышей?

Возьмем еще какую-нибудь другую мышь. Например, нилотскую травяную мышь. Та же скорость размножения (как минимум, 3-4 раза в год), примерно такие же (наверное?) темпы нуклеотидных замен/в год. При этом распространение - бОльшая часть Африки. Я как-то сомневаюсь в том, что:
1) Примерно 50-10 тысяч лет назад, кто-то перебил всех травяных мышей по всей Африке, в результате чего уцелела только одна "Ева-мышь".
2) Или (другой сценарий) я глубоко сомневаюсь, что 50-10 тысяч лет назад какая-то одна единственная линия мышей - вытеснила все остальные линии мышей на всей этой территории.
3) Или тогда (примерно 50 тысяч лет назад) все мыши в природе имели очень малую численность, зато дружно умножили свою численность (именно!) в последние 50 тысяч лет?

В общем, на мой взгляд, всё это ОЧЕНЬ странно.
Imperor
Форумчанин
 
Сообщений: 90
Зарегистрирован: 19 июн 2009, 12:30

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 05 июн 2018, 21:57

Там разные участки ДНК в этих двух статьях, как тут сравнивать, общая изменчивость ДНК может быть одна, а по баркоду другая (а в рамках креационизма/разумного замысла ещё есть и исходное генетическое разнообразие, которое непонятно как учитывать, но с мтДНК, это, к счастью, не важно). Потом, одно дело среднее попарное расстояние, а другое - расстояние между двумя конкретными последовательностями. В принципе, genbank никто пока не забанил, можно подумать, какие последовательности каких видов нам было бы интересно сравнить. Только надо аккуратно сформулировать, чего мы хотим, чтобы не сравнивать теплое с мягким.

Вообще, мне надо всё это хорошо обдумать. Я "как свои пять пальцев" популяционную генетику не понимаю.
А ещё, в рамках моих личных представлений, у меня есть некое непонимание, что же такое вид и что такое "сотворенный род". Как они соотносятся? Это важно для интерпретации данных.

Но в принципе, ваши недоумения в любом случае понятны.

Imperor писал(а) 05 июн 2018, 18:02:2) Или (другой сценарий) я глубоко сомневаюсь, что 50-10 тысяч лет назад какая-то одна единственная линия мышей - вытеснила все остальные линии мышей на всей этой территории.

Если я правильно понимаю, "стационарный" возраст праотца/праматери в поколениях в свободно смешивающейся популяции прямо пропорционален размеру популяции. t=4Neff, т.е. в популяции из 100 мышей, в которой самцов и самок примерно поровну, мышиная митопраматель будет в среднем возрастом в 4*100/2=200 поколений. Но случайный разброс будет большой.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 602
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Imperor » 06 июн 2018, 08:18

Юрий из Петербурга писал(а) 05 июн 2018, 21:57:Там разные участки ДНК в этих двух статьях, как тут сравнивать, общая изменчивость ДНК может быть одна, а по баркоду другая (а в рамках креационизма/разумного замысла ещё есть и исходное генетическое разнообразие, которое непонятно как учитывать, но с мтДНК, это, к счастью, не важно). Потом, одно дело среднее попарное расстояние, а другое - расстояние между двумя конкретными последовательностями. В принципе, genbank никто пока не забанил, можно подумать, какие последовательности каких видов нам было бы интересно сравнить. Только надо аккуратно сформулировать, чего мы хотим, чтобы не сравнивать теплое с мягким.
Очень даже можно. И даже нужно. Только перед этим нужно самим разобраться в этой теме. Я например, пока путаюсь. Уже раза четыре менял оценку того, что следует из результатов этой статьи. И два раза изменял свои выводы - на противоположные :)

Потом, одно дело среднее попарное расстояние, а другое - расстояние между двумя конкретными последовательностями.
Да, там в статье об этом сказано. Что максимальное расстояние между людьми может достигать одного процента.
Но это всё равно не те (средние) пять процентов между видами, которые наблюдаются в подавляющем большинстве случаев.

Вообще, мне надо всё это хорошо обдумать. Я "как свои пять пальцев" популяционную генетику не понимаю.
Вот-вот. У меня то же самое. Просто тема такая. Сложная. Трудно "на пальцах" просчитать все варианты. Здесь компьютерное моделирование может сильно помочь. Но опять же, сначала нужно разобраться, что именно мы хотим проверить в этом моделировании.

Если я правильно понимаю, "стационарный" возраст праотца/праматери в поколениях в свободно смешивающейся популяции прямо пропорционален размеру популяции. t=4Neff, т.е. в популяции из 100 мышей, в которой самцов и самок примерно поровну, мышиная митопраматель будет в среднем возрастом в 4*100/2=200 поколений. Но случайный разброс будет большой.
Кстати, а почему только "стационарный"? Разве это не применимо и для "стационарно-динамичного" варианта? То есть, разве не получается, что если мы наблюдаем какую-то популяцию с огромной численностью - то значит, у этого вида должно быть и соответствующее генетическое разнообразие? Через какие бы бутылочные горлышки этот вид ранее не проходил?
С другой стороны, в этом случае получается, что авторы статьи критически ошибаются, указывая в качестве одной из причин, объясняющих установленный ими факт - бутылочные горлышки. Но разве могли авторы допустить столь сильную ошибку? И почему тогда на это не обратили внимание рецензенты?
Хотя логически, я (теперь, снова :) ) не понимаю, каким образом можно избегнуть накопления генетических различий с помощью бутылочного горлышка?
Imperor
Форумчанин
 
Сообщений: 90
Зарегистрирован: 19 июн 2009, 12:30

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Александр Григорьев » 06 июн 2018, 08:48

Юрий из Петербурга писал(а) 03 июн 2018, 23:17:
Александр Григорьев писал(а) 03 июн 2018, 05:36:Ага. Традиция соблюдается. Очередное опровержение. Есть что постоянное в нашем нестабильном мире. Это радует.
Радоваться можно и веселее.

А по теме скажете что-нибудь?.


Не копенгаген. Но если это что то существенное, без сомнения будет ещё не одна публикация. Тогда посмотрим.
Александр Григорьев
Форумчанин
 
Сообщений: 116
Зарегистрирован: 15 дек 2017, 09:02

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Imperor » 06 июн 2018, 16:42

Юрий из Петербурга писал(а) 05 июн 2018, 21:57:Если я правильно понимаю, "стационарный" возраст праотца/праматери в поколениях в свободно смешивающейся популяции прямо пропорционален размеру популяции. t=4Neff, т.е. в популяции из 100 мышей, в которой самцов и самок примерно поровну, мышиная митопраматель будет в среднем возрастом в 4*100/2=200 поколений. Но случайный разброс будет большой.
Что-то я запутался.
Вот, допустим, какая-то популяция резко увеличила свою численность (допустим, от одной до 1000 линий за 100 лет).
А другая популяция сделала то же самое, но уже миллион лет назад. И с тех пор так и существует в виде большой популяции (из 1000 линий).
Разве вторая популяция не должна накопить в миллион раз больше генетических замен, чем первая?
Ведь длина каждой ДНК большая, и поэтому там может быть чуть ли не сколько угодно повторных событий замен.
Imperor
Форумчанин
 
Сообщений: 90
Зарегистрирован: 19 июн 2009, 12:30

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 06 июн 2018, 21:07

Imperor писал(а) 06 июн 2018, 16:42:
Юрий из Петербурга писал(а) 05 июн 2018, 21:57:Если я правильно понимаю, "стационарный" возраст праотца/праматери в поколениях в свободно смешивающейся популяции прямо пропорционален размеру популяции. t=4Neff, т.е. в популяции из 100 мышей, в которой самцов и самок примерно поровну, мышиная митопраматель будет в среднем возрастом в 4*100/2=200 поколений. Но случайный разброс будет большой.
Что-то я запутался.
Вот, допустим, какая-то популяция резко увеличила свою численность (допустим, от одной до 1000 линий за 100 лет).
А другая популяция сделала то же самое, но уже миллион лет назад. И с тех пор так и существует в виде большой популяции (из 1000 линий).
Разве вторая популяция не должна накопить в миллион раз больше генетических замен, чем первая?
Ведь длина каждой ДНК большая, и поэтому там может быть чуть ли не сколько угодно повторных событий замен.

Сначала скажу, что насчёт t=4N, я сказал, похоже, неправильно, 4N - это среднее время фиксации нейтральной мутации, а тут всё-таки немного другая ситуация, но что t пропорционально размеру популяции, это точно.

По поводу накопления генетического разнообразия.

Популяция не может хранить бесконечно много вариантов генов, разнообразие так или иначе ограничено численностью. Т.е. со временем разнообразие растёт, мутации ведь происходят постоянно, но и элиминация вариантов тоже происходит постоянно. Т.е., есть некая точка равновесия, некий естественный предел разнообразия, который зависит от многих вещей. Например, мы можем поделить вид на множество несмешивающихся частей, и тогда элиминация вариантов будет только внутри этих частей, при этом их общий предок никогда не "омолодится", но это искусственный случай. Другая крайность - популяция из одного, вегетативно размножающегося организма. Тут - никакого разнообразия, общий предок популяции - всегда родитель её единственного представителя. Ну а все остальные ситуации будут между этими крайностями.

При этом, конечно, по сравнению с реальным прародителем вида мутации будут накапливаться "не ограничено" в любом случае.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 602
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 06 июн 2018, 21:30

Вот, для примера, просимулировал популяцию из 100 организмов с бесполым размножением и построил на графике как меняется возраст их последнего общего предка. Надеюсь, в коде не ошибся (link). :)

100lastcommon.png
100lastcommon.png (36.12 KiB) Просмотров: 808
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 602
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 06 июн 2018, 22:03

Для сравнения, три симуляции с разными размерами популяции:
50_100_200_lastcommon.png
50_100_200_lastcommon.png (81.41 KiB) Просмотров: 801
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 602
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Imperor » 07 июн 2018, 10:56

Юрий из Петербурга писал(а) 06 июн 2018, 22:03:Для сравнения, три симуляции с разными размерами популяции:
Честно говоря, я всё еще мало что понимаю. В чужом коде тоже нелегко разобраться без пояснений (там где-нибудь моделируется появление мутации?)
Давайте начнем с самого начала :) Что у Вас на графике по оси X, а что по оси Y ?

P.s. Понятно, что "насыщение мутациями" должно в какой-то момент произойти. Но в какой момент это происходит? Сразу же, по мере увеличения численности? Или, например, спустя миллион лет после увеличения численности, и дальнейшего миллионолетнего существования этой популяции в рамках большой численности?
Например, в момент взрывного увеличения численности, набрала популяция по 1-2 точечных замены в цепи ДНК, у каждой существующей бесполой линии. Но ведь ДНК, допустим, длиной 100.000 нуклеотидов. Что же мешает в ходе дальнейшего стабильного существования этой популяции - набрать уже, допустим, десяток точечных замен в ДНК каждой линии?
Imperor
Форумчанин
 
Сообщений: 90
Зарегистрирован: 19 июн 2009, 12:30

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 07 июн 2018, 17:33

Imperor писал(а) 07 июн 2018, 10:56:
Юрий из Петербурга писал(а) 06 июн 2018, 22:03:Для сравнения, три симуляции с разными размерами популяции:
Честно говоря, я всё еще мало что понимаю. В чужом коде тоже нелегко разобраться без пояснений (там где-нибудь моделируется появление мутации?)
Давайте начнем с самого начала :) Что у Вас на графике по оси X, а что по оси Y ?

В коде я, конечно же, налажал, сделал треугольную матрицу расстояний, но при взятии значений из неё забыл проверять индексы на корректность. Правда, результат не получился явно неправильным, поэтому я не сразу заметил ошибку.
Вот исправленный код: https://pastebin.com/GzqnZ1TS
В следующем сообщении поясню, что там где. Графики тоже выложу новые.

Imperor писал(а) 07 июн 2018, 10:56:Понятно, что "насыщение мутациями" должно в какой-то момент произойти. Но в какой момент это происходит?

Во время экспансии насыщения не будет, потому что замещения одних линий другими - нет (в основном).
А при стабильной численности и полном перемешивании расчёт даёт следующее значение насыщенного разнообразия:
(Цитата из обсуждаемой статьи, из подписи к fig.7) писал(а):Dashed line is expected APD limit due to (AVP = 2 N μ, where N = population size and μ = mutation rate, using 10-8 substitutions/site/generation, or 1% per My, assuming generation time is 1 y).

Наступать насыщение должно, насколько я понимаю через N-2N поколений после достижения стабильной численности, где N - размер популяции.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 602
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

След.

Вернуться в Макроэволюция

Кто сейчас на форуме

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 1

Golden Time-Золотое Время. История, религия, наука