Опровергнута самая популярная теория эволюции

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 07 июн 2018, 17:49

Imperor писал(а) 07 июн 2018, 10:56:В чужом коде тоже нелегко разобраться без пояснений (там где-нибудь моделируется появление мутации?)
Давайте начнем с самого начала :) Что у Вас на графике по оси X, а что по оси Y ?

Сами мутации я не моделировал, т.к. это на коленке за пять минут не набросать. Я поступил проще - моделировал изменение "глубины генеалогии" в стабильной популяции с полным перешиванием. Т.е., переменные за которыми я слежу - расстояние между любыми двумя индивидами в поколениях от их общего предка. Из этого уже легко пересчитать расстояние в мутациях - просто домножить на 2 (потому что дано расстояние от каждого из них до предка, а нужно расстояние между ними) и на среднее число мутаций за поколение.

Приведу два графика для трёх размеров популяции: 50, 100 и 200.
50_100_200_lastcommon.png
50_100_200_lastcommon.png (62.85 KiB) Просмотров: 478
50_100_200_meanlastcommon.png
50_100_200_meanlastcommon.png (70.08 KiB) Просмотров: 478

На первом графике - максимальное расстояние от двух индивидов до их предка в зависимости от поколения, на втором - среднее. Максимальное даёт общую глубину генеалогии, т.е. точка (x,y) на графике означает, что в поколение x вся популяция происходит от предка, жившего y поколений назад.
Среднее расстояние позволяет, зная скорость мутирования, рассчитать APD. Кстати, видно, что поскольку APD=2Nμ, а средняя глубина генеалогии у меня примерно N, то программа на этот раз работает правильно.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 595
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 08 июн 2018, 00:50

Теперь детально про программу. Она простая, но пусть не будет белых пятен:

Входные параметры:
Код: выделить все
pop_size    = int(argv[1])
steps_total = int(argv[2])
steps_skip  = int(argv[3])

размер популяции, число шагов симуляции, и число шагов, которые не надо выводить (если хочется пропустить "устаканивание").

parents - одномерный массив, в котором записаны индексы предков. Т.е. у индивида i предок = parents[i].
distances - двумерный массив, в котором записаны расстояния в поколениях от каждой пары индивидов до их общего предка. Т.е. у пары (i,j) общий предок жил distances[i,j] поколений назад.

Поскольку размер популяции фиксирован надо как-то инициализировать эти массивы.
В принципе, не так важно, как это делать, т.к. "устаканенное состояние" от этого не зависит. Я делаю так:

Код: выделить все
parents   = ones(pop_size, dtype=np.int) #сначала все индивиды братья (массив заполнен одним и тем же числом, можно любым, но у меня стоит 1 [1,1,1...1])
distances = ones((pop_size,pop_size), dtype=np.int) #сначала все индивиды братья, поэтому общий предок каждой их пары жил 1 поколение назад (везде единицы)
fill_diagonal(distances,0) # кроме диагонали, на которой нули
#[[0,1,1...1]
#[1,0,1...1]
#...
#[1...1,0]]

На каждом шаге массив parents заменяется новым, выбранным случайным образом:
Код: выделить все
parents = choice(pop_size,size=pop_size) #эта функция реализует выбор с возвратом. видно, что parents можно было и не инициализировать, но я писал сходу, без размышления.

Массив distances обновляется исходя из простой закономерности:
Код: выделить все
    for i in range(pop_size):
        for j in range(i+1,pop_size):
            pi = parents[i]
            pj = parents[j]
            if pi > pj:
                pi,pj = pj,pi
            distances_new[i,j] = distances[pi,pj]+1 #общий предок пары жил на одно поколение раньше, чем общий предок родителей пары.

Т.е. перебираем все пары индексов из верхнетреугольной матрицы расстояний, смотрим индексы их родителей (проверяем, чтобы они были в верхнем треугольнике матрицы), и присваиваем расстояние на единицу большее, чем у их родителей. Здесь всё должно быть понятно.

На каждом шаге выводим в stdout шаг, максимальное расстояние и среднее расстояние:
Код: выделить все
print(step,max(distances),mean(distances[ndx]))
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 595
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 08 июн 2018, 00:55

Получается маленькая программка, которая тем не менее помогает лучше почувствовать, что стоит за формулой APD=2Nμ из модели "Kimura’s equilibrium model".

Но вот, что меня тут интересует. В реальности ведь всегда есть некая пространственная протяженность, и она, по идее, должна увеличивать этот равновесный APD. А тут модель с полным перемешиванием. Надо какой-нибудь хороший современный учебник популяционной генетике найти, почитать, что там пишут по этому поводу.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 595
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Imperor » 10 июн 2018, 17:35

Юрий из Петербурга писал(а) 08 июн 2018, 00:55:Получается маленькая программка, которая тем не менее помогает лучше почувствовать, что стоит за формулой APD=2Nμ из модели "Kimura’s equilibrium model".
Большое спасибо за пояснения. У меня в голове, наконец-то, прояснилось по этому поводу, и всё встало на свои места.
Тем не менее, всё равно "вечная молодость видов" в рамках постулатов СТЭ выглядит странно (недостаточно убедительно, на мой взгляд):
1) Очевидно, что резкие бутылочные горлышки были не у всех биологических видов. Особенно, тех, которые имеют огромные численности и при этом обитают в стабильных местообитаниях. Лучшие претенденты на проверку здесь - тропические организмы малого размера. Как водные, так и сухопутные.
2) "Распространение через автостоп" - тоже не выглядит убедительным. Во всяком случае, для половых организмов. Потому что какой там автостоп, если хромосомы все время перемешиваются. И следовательно, в половой популяции не прослеживается никаких "линий организмов". В этом случае, автостоп возможен только вместе с полезными мутациями в самой митохондрии. Но тут вопрос - а насколько такие полезные мутации вообще могут быть в митохондрии? Разве там всё уже давно не отобралось до идеала?

Но вот, что меня тут интересует. В реальности ведь всегда есть некая пространственная протяженность, и она, по идее, должна увеличивать этот равновесный APD. А тут модель с полным перемешиванием. Надо какой-нибудь хороший современный учебник популяционной генетике найти, почитать, что там пишут по этому поводу.
Думаю, пространственная протяженность не является большой проблемой для СТЭ. Если нет изоляции, то пространство будет лишь в незначительной степени замедлять процесс. Другое дело, если есть надежная изоляция.
Кстати, вот именно такие случаи лучше всего теперь проверить. Набрать группу видов с разорванными, хорошо изолированными ареалами. И если даже у них будет наблюдаться "общая молодость" (одна и та же разница в генетических заменах для разных изолированных популяций одного и того же вида), то этот факт уже будет гораздо сложнее уложить в рамки СТЭ.
В самой статье - там один такой случай показан, как раз, в качестве исключения. Где разная степень ген.замен объяснялась как раз, разными ареалами популяций. Но я не понял, в каком смысле это было исключение? В смысле, что в случае разорванных ареалов - может спокойно наблюдаться разная степень ген. замен? Или же в смысле, что вообще такая ситуация, когда в рамках вида наблюдается большая разница в степени ген.замен - это исключение из правил (несмотря на то, разорван ареал или нет).
Imperor
Форумчанин
 
Сообщений: 88
Зарегистрирован: 19 июн 2009, 12:30

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 13 июн 2018, 23:20

Imperor писал(а) 10 июн 2018, 17:35:Тем не менее, всё равно "вечная молодость видов" в рамках постулатов СТЭ выглядит странно (недостаточно убедительно, на мой взгляд):

Конечно, достаточно посмотреть на графике, насколько велик разброс глубины генеалогии в стационарной популяции, чтобы стало ясно, что это не наш случай. Не говоря о том, что размеры у популяций сами по себе очень разные, их разброс сам по себе должен давать гораздо больший разброс разннообразия у разных видов. Т.е., тут получаются либо особые условия в недавнем прошлом - глобальное бутылочное горлышко, либо какое-то таинственное свойство видов обновляться одновременно.
Imperor писал(а) 10 июн 2018, 17:35:2) "Распространение через автостоп" - тоже не выглядит убедительным. Во всяком случае, для половых организмов. Потому что какой там автостоп, если хромосомы все время перемешиваются. И следовательно, в половой популяции не прослеживается никаких "линий организмов". В этом случае, автостоп возможен только вместе с полезными мутациями в самой митохондрии. Но тут вопрос - а насколько такие полезные мутации вообще могут быть в митохондрии? Разве там всё уже давно не отобралось до идеала?

Извиняюсь, не понял, что такое "автостоп". Я что-то пропустил, наверное (статью подробно не читал).

Насчёт линий у двуполых организмов: линий организмов нет, но линии генетических вариантов есть. В принципе, для них верно всё то же самое, что и для бесполой популяции, только эффективный размер популяции (и, соответственно, глубина генеалогии) в два раза больше.
О, кстати, сейчас вспомнил одну работу, в которой утверждается, что генетическое разнообразие непарных хромосом у множества организмов ниже ожидаемого. Я её себе сохранил на всякий случай (потому что её данные согласуются с предположением, что виды были сотворены с исходным генетическим разнообразием), поэтому процитирую оттуда, чтобы случайно не ошибиться:
Sofia Berlin and Hans Ellegren // Chicken W: A genetically uniform chromosome in a highly variable genome писал(а):Specifically, and by assuming random mating in an ideal population, the Ne of autosomes, the X chromosome, and the Y chromosome show a 4:3:1 relationship (4), and polymorphism levels are expected to scale accordingly (1, 3).


Imperor писал(а) 10 июн 2018, 17:35:Кстати, вот именно такие случаи лучше всего теперь проверить. Набрать группу видов с разорванными, хорошо изолированными ареалами. И если даже у них будет наблюдаться "общая молодость" (одна и та же разница в генетических заменах для разных изолированных популяций одного и того же вида), то этот факт уже будет гораздо сложнее уложить в рамки СТЭ.

Если дадите список видов, попробую посмотреть.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 595
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Imperor » 18 июн 2018, 08:18

Юрий из Петербурга писал(а) 13 июн 2018, 23:20:Не говоря о том, что размеры у популяций сами по себе очень разные, их разброс сам по себе должен давать гораздо больший разброс разнообразия у разных видов.
Вот-вот. И у меня такое же ощущение.
Но может быть, "автостоп" решает. Тут надо подумать.
Хотя с другой стороны, если всё это - результат "автостопа", тогда почему мы сегодня не наблюдаем множества таких вот стремительных эволюционных изменений?

Извиняюсь, не понял, что такое "автостоп". Я что-то пропустил, наверное (статью подробно не читал).
Это когда какая-то конкретная линия митохондрий распространяется в популяции благодаря "автостопу".
Например, в популяции, раз(!) и возникла какая-то полезная мутация, которая повышает вероятность выживания на 10% (как в знаменитом примере с березовыми пяденицами). В этом случае, всего примерно за 100 поколений эта мутация завоюет популяцию. ВМЕСТЕ со всеми генами, которые находятся в этой же хромосоме. То есть, эти гены распространятся "автостопом". Ну и в бесполых видах - еще и митохондрии (какой-то одной линии) могут таким образом распространиться.
Причем это будет происходить очень быстро. Чем не (нужная нам) "волна обновления"? Даже если всего +1% приспособленности - всё равно всего примерно за 1000 поколений - "волна обновления" полностью прокатится по популяции, вычистив все другие варианты митохондрий, и распространив ("автостопом") свой вариант.
Однако в половых популяциях, насколько я понимаю, так уже не получится. То есть, про "половые популяции" - данное объяснение уже не катит. Если только полезная мутация не произойдет в самой митохондрии.

Если дадите список видов, попробую посмотреть.
Вообще, это было бы просто здорово. То есть, это бы прояснило ситуацию, которая сейчас патовая (какую гипотезу выбрать). Если и у видов с разрозненными и надежно изолированными популяциями - такая же ситуация, как получилось у авторов - то значит, это либо действительно, глобальная катастрофа была, либо это свидетельство того, что виды являются неизменяемыми, и могут варьировать только в достаточно узких пределах, не доходя до какого-то (межвидового) предела.
Но если у этих видов с разорванными ареалами - окажется всё не так (а действительно, сильно изменчивая степень различий, вплоть до значительных внутривидовых различий) - тогда и эволюционная версия объяснения тоже станет вполне возможной. И даже вполне убедительной.
В общем, действительно, нужно провести уточняющее исследование.
Мне пока приходят на ум бделлоидные коловратки. Сейчас прямо на столе лежит монография по ним. Там процентов 30-40 видов - вообще космополиты. Вот по ним можно и проверить. Хотя их может не оказаться в базе данных.
Но мне нужно немного времени. Я сейчас должен "добить" ту тему, которую начал у себя в ЖЖ, и еще пару тем описать.
А потом можно будет и проверить (если не по коловраткам, то какие-нибудь другие виды подберу). Главное, не забыть :)
Imperor
Форумчанин
 
Сообщений: 88
Зарегистрирован: 19 июн 2009, 12:30

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Imperor » 19 июн 2018, 08:47

Юрий из Петербурга писал(а) 13 июн 2018, 23:20:Если дадите список видов, попробую посмотреть.
Давайте для начала попробуем один вид.
Попробуйте посмотреть вот этот вид орхидеи: Calanthe triplicata.
У неё крайне разорванный ареал, и при этом распространение на "целое полушарие". Есть ли такая вообще в базе данных, и если есть, то указано ли, откуда (из какого географического региона) брались образцы.


По бделлоидным коловраткам можно еще посмотреть (если они там есть). Например, такие виды (открывал страницы монографии почти случайным образом - тут очень много космополитов):
Macrotrachela bullata (распространение: Великобритания, Индия (Гималаи), Корея, Южная Африка)
Scepanotrocha simplex (распространение: Нидерланды, Бельгия, Австрия, Греция, Испания, о-ва Мадейра, Канарские о-ва, Новая Зеландия, Бразилия, Чили)
Mniobia scabrosa (распространение: Центральная Европа, Южная и Восточная Африка, Уганда, Канада, Австралия, Новая Зеландия)
Imperor
Форумчанин
 
Сообщений: 88
Зарегистрирован: 19 июн 2009, 12:30

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 20 июн 2018, 15:43

Что-то мне "автостоп" кажется натянутым объяснением. Мне кажется, что для этого объяснения требуется, чтобы в митохондриях регулярно, достаточно часто, с примерно одинаковой у всех видов частой возникали селективно положительные мутации. Но детали мне не понятны.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 595
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 20 июн 2018, 16:05

Хорошо, буду смотреть и писать в теме, что там есть.

По Calanthe triplicata в базе NCBI нет последовательностей гена COI. Можно по другим посмотреть. Список: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore?te ... ailsSearch

По коловраткам тоже, похоже, немного, смотрю сейчас у Macrotrachela bullata вообще всего 3 последовательности, правда именно гена COI, но все три из Танзании.
Кстати, в аннотации сказано, что они из одного филогенетического исследования, поэтому я сейчас все последовательности из этого исследования скачаю.
Ссылка на набор данных: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/popset/157365246

Сейчас выложу дерево, может быть проще на нём посмотреть, есть ли там интересующие виды, чем перебирать их по одному.
Последний раз редактировалось Юрий из Петербурга 20 июн 2018, 17:04, всего редактировалось 1 раз.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 595
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 20 июн 2018, 16:28

"Дерево простроенное http://www.phylogeny.fr"
PopSet157365246.phylogeny.fr.png
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 595
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 20 июн 2018, 16:44

А вот статья, к которой относится этот набор: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17373857
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 595
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 20 июн 2018, 17:06

Добавлю список стран из аннотаций к последовательностям.
Вложения
PopSet157365246.countries.txt
(13.42 KiB) Скачиваний: 3
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 595
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 20 июн 2018, 22:33

Нарисовал матрицу расстояний, по куску который есть во всех последовательностях (это 235 нуклеотидов). Последовательности отсортированы по дереву, построенному с помощью PhyML (оно может немного отличаться от предыдущего). Дерево в формате Newick - во вложении.
out4.png


(честно говоря, не делал я такие матрицы, потому возможны улучшения, если я найду какие-то погрешности в питоновском коде)
Вложения
PopSet157365246-PhyML_tree.hr.sort.txt
(4.12 KiB) Скачиваний: 3
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 595
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Imperor » 21 июн 2018, 08:18

Юрий из Петербурга писал(а) 20 июн 2018, 15:43:Что-то мне "автостоп" кажется натянутым объяснением. Мне кажется, что для этого объяснения требуется, чтобы в митохондриях регулярно, достаточно часто, с примерно одинаковой у всех видов частой возникали селективно положительные мутации. Но детали мне не понятны.
Ну, может, они там так и "ходят по кругу" всё время :)
Сначала, допустим, потихоньку деградируют (геномы митохондрий), а потом, раз - и всё возвращается одной полезной мутацией. И так, регулярно, раз в 20-50 тысяч поколений?
Imperor
Форумчанин
 
Сообщений: 88
Зарегистрирован: 19 июн 2009, 12:30

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Imperor » 21 июн 2018, 08:28

Юрий из Петербурга писал(а) 20 июн 2018, 22:33:Нарисовал матрицу расстояний, по куску который есть во всех последовательностях (это 235 нуклеотидов). Последовательности отсортированы по дереву, построенному с помощью PhyML (оно может немного отличаться от предыдущего). Дерево в формате Newick - во вложении.
out4.png


(честно говоря, не делал я такие матрицы, потому возможны улучшения, если я найду какие-то погрешности в питоновском коде)
Что-то я никаких особых закономерностей не вижу. Насколько я понимаю - опять получилось как всегда. То есть, объявленная закономерность не воспроизвелась?
На всякий случай - уточняющий вопрос - по шкале цифра 1.00 - это полная идентичность. А ниже 0.7 - значений нет. Получается, что эти коловратки ближе друг к другу, чем другие виды животных:
(из вот этой заметки):
Изображение

Или я что-то не так понял?

Вообще, как соотносятся заявленные авторами границы (~1% внутривидовые и ~5% межвидовые) на Вашей шкале? Это, соответствует 0.99 и 0.95 значениям на Вашей шкале? Или нет?

P.s. Может быть, пока рано анализировать коловраток. Всё-таки, это таксон, тяжелый для классификации (наверное). Может быть, начать следует с того, что просто перепроверить вывод авторов. Взять те же виды, которые они анализировали. И посмотреть, что получается. Например, по медведям, человекообразным обезьянам.
Еще по роду пантера можно проверить (лев, леопард, ягуар, тигр и пару видов за этими родами - например, гепард и дымчатый леопард). Да хоть по мышам и крысам посмотреть. По ним то уж точно всё проверено-перепроверено. И посмотреть, действительно ли там получается та картина, которую объявили авторы.
Imperor
Форумчанин
 
Сообщений: 88
Зарегистрирован: 19 июн 2009, 12:30

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение р.Б.Константин » 22 июн 2018, 12:09

Юрий из Петербурга писал(а) 20 июн 2018, 22:33:Нарисовал матрицу расстояний, по куску который есть во всех последовательностях (это 235 нуклеотидов). Последовательности отсортированы по дереву, построенному с помощью PhyML (оно может немного отличаться от предыдущего). Дерево в формате Newick - во вложении.
out4.png


(честно говоря, не делал я такие матрицы, потому возможны улучшения, если я найду какие-то погрешности в питоновском коде)

Юрий, а Вас можно попытать по питону? Смотрите ЛС.
Аватар пользователя
р.Б.Константин
Супермодератор
 
Сообщений: 215
Зарегистрирован: 17 апр 2008, 23:26
Кредо: Creatio+Evolutio

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение р.Б.Константин » 22 июн 2018, 12:50

Imperor писал(а) 21 июн 2018, 08:28:Что-то я никаких особых закономерностей не вижу. Насколько я понимаю - опять получилось как всегда. То есть, объявленная закономерность не воспроизвелась?
На всякий случай - уточняющий вопрос - по шкале цифра 1.00 - это полная идентичность. А ниже 0.7 - значений нет.

--Правильно я понимаю, что чтобы показать, что "все виды одинаково молоды", пиксельные квадраты должны быть приблизительно одного тона, т.е. у всех видов животных та последовательность мтДНК должна незначительно отличаться от одной прототипной?
Аватар пользователя
р.Б.Константин
Супермодератор
 
Сообщений: 215
Зарегистрирован: 17 апр 2008, 23:26
Кредо: Creatio+Evolutio

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Imperor » 22 июн 2018, 17:19

р.Б.Константин писал(а) 22 июн 2018, 12:50:
Imperor писал(а) 21 июн 2018, 08:28:Что-то я никаких особых закономерностей не вижу. Насколько я понимаю - опять получилось как всегда. То есть, объявленная закономерность не воспроизвелась?
На всякий случай - уточняющий вопрос - по шкале цифра 1.00 - это полная идентичность. А ниже 0.7 - значений нет.

--Правильно я понимаю, что чтобы показать, что "все виды одинаково молоды", пиксельные квадраты должны быть приблизительно одного тона, т.е. у всех видов животных та последовательность мтДНК должна незначительно отличаться от одной прототипной?
Да.
Imperor
Форумчанин
 
Сообщений: 88
Зарегистрирован: 19 июн 2009, 12:30

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 22 июн 2018, 18:16

Imperor писал(а) 21 июн 2018, 08:28:Что-то я никаких особых закономерностей не вижу. Насколько я понимаю - опять получилось как всегда. То есть, объявленная закономерность не воспроизвелась?
На всякий случай - уточняющий вопрос - по шкале цифра 1.00 - это полная идентичность. А ниже 0.7 - значений нет.

Да, у меня на шкале - процент идентичных нуклеотидов, а вот у них - не знаю. Сейчас посмотрел, что в подписи под рисунком из статьи, там: and indicator vector correlation scale is at right, with 1 representing 100% sequence identity. Какое-то расстояние по распределению коротких подпоследовательностей что-ли.
Последний раз редактировалось Юрий из Петербурга 22 июн 2018, 18:18, всего редактировалось 1 раз.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 595
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Re: Опровергнута самая популярная теория эволюции

Сообщение Юрий из Петербурга » 22 июн 2018, 18:16

р.Б.Константин писал(а) 22 июн 2018, 12:09:Юрий, а Вас можно попытать по питону? Смотрите ЛС.

Ответил.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий из Петербурга
Форумчанин
 
Сообщений: 595
Зарегистрирован: 27 апр 2008, 16:21
Кредо: creatio ex nihilo

Пред.След.

Вернуться в Макроэволюция

Кто сейчас на форуме

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 2

Golden Time-Золотое Время. История, религия, наука