Сообщений: 5 Страница 1 из 1
Не знаю, в какой раздел поместить эту тему, пусть пока побудет здесь.

Поедатели астероидов помогут понять появление жизни

Первичный бульон — набор ингредиентов, предшествующих сложной органике, молнии плюс вулканизм... Примерно так представляют себе учёные условия зарождения жизни. А как было на самом деле? Если нельзя вернуться в прошлое, остаётся только экспериментальная проверка. Только не хочется ждать миллионы лет, прежде чем в пробирке появятся многоклеточные существа.
...можно попытаться воспроизвести пребиотическую и биологическую эволюцию в компьютере. Правда, для того, чтобы добиться корректного результата, нужны колоссальные вычислительные мощности. Зато путешествуя "снизу вверх" – от простого (моделирования молекул поштучно) к сложному – спонтанному появлению живых систем, можно доказать правомерность существующих взглядов на зарождение жизни на нашей планете.

Именно этим занимается ныне проект EvoGrid (Evolution Technology Grid) – создаваемый в США гигантский симулятор молодой Земли
Не внося ничего нереального, а просто моделируя динамику и химические реакции молекул в первичном растворе, машина должна "дождаться" появления первых РНК, потом липидных мембран, пузрьков — прообразов живых клеток, самих одноклеточных существ и далее, как говорится, по списку.

Базируется EvoGrid на компьютерной программе GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations) , мощном симуляторе молекулярной динамики, созданном некогда в голландском университете Гронингена (Rijksuniversiteit Groningen), а ныне используемом учёными в ряде университетов.

Но вместо того, чтобы делать ставку на самые мощные суперкомпьютеры мира, проект EvoGrid намерен обратиться к силе распределённых вычислений, используя опыт проектов вроде знаменитого SETI@home. Деймер рассчитывает, что со временем в сеть EvoGrid будут включены свыше миллиона частных PC.


Хотелось бы услышать мнение р.Б.Константина.
На мой взгляд здесь - дистанция ОГРОМНОГО размера, может быть, в принципе непреодолимая на современной архитектуре компьютеров.
Даже уровень "структура молекулы - свойства" - едва ли могут осилить даже тысячи распаралленых суперкомпьютеров.
А тут еще такая проблема, как "генотип - фенотип"
Я работал с громаксом. В общем-то и сейчас работаю, на 40 powerpc процессорах 2000 ггц для ~100000 атомов можно насчитать поведение в течении ~10нс за сутки. То есть за год где-то 3,6 мкс. Ну пусть у них будет миллион таких вычислительных кластеров, получат 3,6с за год (вернее не получат, т.к. невозможно организовать их быстрое взаимодействие). Потом, они реакции как-то моделировать хотят, а это уже квантовая химия, если по хорошему, что замедляет счёт на порядки. Так что тупо в лоб не получится. Как они будут организовывать процесс не знаю, но звучит фантастически.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Юрий Петрович писал(а):Я работал с громаксом.
Тогда, прошу Вас, объясните неспециалисту, что это за зверь?

Юрий Петрович писал(а):на 40 powerpc процессорах 2000 ггц для ~100000 атомов можно насчитать поведение в течении ~10нс за сутки.
А памяти сколько было? Или это некритично?

Юрий Петрович писал(а):Так что тупо в лоб не получится. Как они будут организовывать процесс не знаю, но звучит фантастически.
Спасибо за цифры! :good:
Лужехмур писал(а):


gromacs использует мало памяти, а на диск пишет только результаты.

Это набор программ для молекулярно-механического (с возможностью подключения квантовохимических движков) моделирования. Грубо говоря, молекулярная механика - это классическая механика для молекул. То есть, задают классический потенциал для атомов и смотрят как оно там по второму закону Ньютона двигается. Я моделирую поведение пептидов в растворе.

gromacs самый быстрый продукт в своём классе. Хорошая штука.

http://www.gromacs.org/

Руководство с описанием методов молекулярной механики.
Ceterum censeo Carthaginem esse delendam
Сообщений: 5 Страница 1 из 1

Кто сейчас на форуме

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 3